by Dr A. Mesut Erzurumluoğlu | Principal Bioinformatician at Bicycle Therapeutics (formerly at Boehringer Ingelheim, and Univs. of Cambridge, Leicester & Bristol) – blogging since 2006. All views mine unless stated otherwise
I thought I should write something about a book and an academic paper I read recently on the benefits and evolutionary history of exercise – especially as boosting the immune system has become critical in this new era of the COVID-19 pandemic (NB: I would highly recommend Prof. Lieberman’s book, which is provided in the references section).
Paleoanthropologist* Daniel Lieberman famously wrote that humans were not evolved to exercise – that is, going out running or weightlifting for the sake of ‘keeping healthy’ rather than chasing your prey. We may not be hard-wired to get running but weight-loss and/or maintenance is nevertheless important. Furthermore, a recent study sheds light into the potential additional benefits of exercise.
Scientists at the University of Texas identified a new set of bone marrow cells that are activated during exercise. They carried out a series of experiments and ultimately showed that exercise triggers a cascade of previously unknown biological pathways in these cells which ultimately led to bone formation but also a boosted immune response.
Image source: Nature
These specialised bone-cell progenitors, cells that differentiate to become bone cells, are different from nearby cells in that they express the proteins leptin receptor and osteolectin. Movements, such as exercise, can activate a protein called Piezo1 in these set of cells which leads to the expression of a signalling molecule called stem cell factor (SCF). This is the mechanism which links exercise to the immune system as SCF also helps to maintain nearby common lymphoid progenitors (CLPs) – cells which can differentiate into cells of the immune system called lymphocytes (more commonly known as white blood cells) that can fight bacterial infections. Increased expression of SCF makes sure that there are more CLPs ready to become white blood cells when needed, ultimately boosting the immune system.
@BoShenUTSW discovered a periarteriolar niche for osteogenic and lymphoid progenitors in the bone marrow @nature. This niche requires mechanical stimulation! Exercise strengthens bone and immunity partly by forces transmitted into the BM along arterioles.https://t.co/zfd8KQZJSR
The study was published last week by Bo Shen and colleagues in the prominent science journal Nature. The research findings have attracted a lot of interest in the science world too. The study’s senior author and Director of Children’s Research Institute at University of Texas Southwestern Prof. Sean Morrison wrote on Twitter: “Mechanical loading was thought to promote bone formation by acting on the bone itself – that bone marrow was insulated from movement-induced forces. Bo shows mechanical forces are transmitted deep into the marrow along arterioles, where they promote proliferation by bone-forming cells.”. This thread received a lot of attention in academic social media circles, with many stating that the findings could be “transformative”.
However, one must note that these studies were carried out in mice – which are usually good models for humans due to their high genetic similarity (85% on average) and physiology. However, not all findings in mice apply to humans and therefore it is unclear whether this finding will generalise to humans and/or to other types of exercise other than running (e.g. weightlifting).
If relevant to humans, this finding is likely to have direct clinical applications. For example, increasing the numbers of these newly characterised cells and/or CLPs in the bone marrow would help to provide protection against other disease-causing agents such as bacteria and viruses. It is also possible that the same mechanism can boost vaccination responses.
We currently do not know the answers to these questions. However, it is still a good idea to put on your running shoes and not only strengthen your bones but most likely also boost your immune system in the process – especially if you are an adult as white blood cell production at the bone marrow declines with age.
Footnotes:
* Paleoanthropologists try to understand the early development of anatomically modern humans
References:
Exercised. Why something we never evolved to do is healthy and rewarding. Daniel Lieberman. 5 January 2021
Gönül muhabbet ister podcast bahane! 🙂 Genelde, başarılı, bilgilive ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf hashtagini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumuzu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
Az İş Çok Laf – Bölüm 16: Salgın hastalık Epidemiyolojisi ve COVID-19 üzerine – Dr Burcu Tepekule (08/04/2021)
Bu bölümde, dünyanın en iyi üniversitelerinden biri olan Zürih Üniversitesinde salgın hastalık epidemiyoloğu/doktora sonrası araştırmacı (Postdoc) olarak çalışan Dr Burcu Tepekule’yle mühendislikten, epidemiyolojiye uzanan serüveni ve pandemi süreci üzerine konuştuk. Burcu aynı zamanda blog yazıları (Smallscaled|Arbitrary writings) ve podcast bölümleri (Düşünen patates) paylaşıyor.(Not: Bu bölüm az miktarda Murat Kekilli içerir)
Kaynaklar:
1- Burcu’nun katkıda bulunduğu The Athletic haberi (5 Haziran 2020): Arteta has been superb during a weird first six months – now things get tougher (Link)
— A. Mesut Erzurumluoğlu (@mesuturkiye) June 6, 2020
2- Murat Kekilli’nin 5 ve 6 Nisan 2021’de COVID-19’la ilgili attığı tweetler (Tweetler silinmiş. O zaman ekşisözlük linki paylaşalım). Tweetlerden biri şöyleydi:
“adamı hasta etmeyin! insanları hasta eden şey virüsler degildir. çevresi ve yiyip içtiklerinde bulunan toksinlerdir. bilimsel olarak bu güne kadar virüslerin canlılara bulaştığına dair hiç bir kanıt da bulunamamıştır”
Podcast’te kullanılan terminoloji:
1- Epidemiyoloji: Toplumdaki hastalıkların dağılımını, görülme sıklıklarını ve sebeplerini inceleyen bir bilim dalıdır (Vikipedi)
2- CRISPR-Cas9 sistemi: Genomun çeşitli kısımlarına ekleme, çıkarma ya da DNA dizilimininde değişim yapmalarına olanak tanıyan özgün bir teknolojidir (Bilim Fili – 5 Şubat 2017). Yakın gelecekte birçok genetik hastalığa çare olacağı duşünülüyor.
3- Alphafold: Google DeepMind’ın geliştirdigi ve sadece DNA dizilimininden, o DNA diziliminin kodladığı proteinin 3D yapısını yüksek oranda doğru hesaplayabilen bir ‘derin öğrenme’ (deep learning) algoritmasıdır (BBC Türkçe – 3 Aralık 2020)
4- Kriptopara: En ünlüsü ‘Bitcoin’ olan dijital dövizler (Vikipedi). Nakite alternatif bir değişim aracı olarak tasarlanmış bu dijital varlıklarla yapılan işlemler, bankalar ya da devletlerden ziyade, kriptografik algoritmalarla onaylanır (Tavsiye: Az İş Çok Laf – Bölüm 13)
5- Robin hood: Hisse alım-satım platformu. Diğer sitelerden genel olarak farkı stok alım-satım için komisyon almaması ve minimum bir bakiye değeri olmaması (Bloomberg HT – 11 Haziran 2020). Tarihe ‘Gamestonks devrimi’ olarak geçecek olayda merkezi rol oynamıştır (Tavsiye: Fularsız Entellik)
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı bilim soslu safsatalar hakkında yorumlarımı sunuyorum. ‘Az iş çok laf’ serisinde ise Fikri’yle beraber genelde, başarılı, bilgili ve ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf ya da #Ondandabok hashtaglerini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
Ondan da b*k – Bilim: Bölüm 4: Düz Dünyacılar (19/02/21)
Bu bölümde, “bilim insanları nasıl çalışır?” ve “bilim nasıl yapılır?” bilmedikleri için, aslındabilime ve bilim insanlarına toptan karşıt olan ‘düz dünyacılar’ın mantıksızlığından bahsedeceğim (Not: ironi içerir – her ne kadar da bu konuda fazla yetenekli olmasam da 😉 )
Kaynaklar:
1- James May Witnesses Curvature of Earth (YouTube)
2- Kharroubi Amira and Touir Jamel. The Geocentric Model of the Earth: Physics and Astronomy Arguments (PDF) – dünyanın (affedersiniz ama) en kıytırık dergilerinden birinde (The International Journal Of Science & Technoledge’de) yayınlanmış ve makale baştan sona teorik – yani sıfır delil. Maalesef – yüksek ihtimal (T. Jamel) Hoca öğrencisinin aklını çeldi ama – fanatik dincilerin kendilerini/gruplarını “dünyadaki tek akıllılar” sanmasının en bariz örneklerinden biri bu
4- Is the moon upside down? – Stargazing Live: Australia – BBC Two (YouTube)
5- Was the Moon Landing faked? | Big Questions with Neil deGrasse Tyson (YouTube)
6- Unmasking the Face on Mars (Link) – Insan zihninin rastlantısal durumları kabul etmeyerek yanılması ve alakasız veriler arasında bir bağ kurmaya çalışmasına ‘apofeni’ deniyor. Mars’tan gelen düşük çözünürlüklü fotoğrafta görülen ‘yüz’ de buna bir örnek… (Twitter)
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı bilim soslu safsatalar hakkında yorumlarımı sunuyorum. ‘Az iş çok laf’ serisinde ise Fikri’yle beraber genelde, başarılı, bilgili ve ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf ya da #Ondandabok hashtaglerini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
Ondan da b*k – Bilim: Bölüm 3: ‘Türk geni’ ve ırkçılık (02/02/21)
Bu bölümde, genetikten ve akraba evliliklerinden örnekler kullanarak (i) “en üstün ırk Türklerdir”, “Türkiye Türklerindir”, “yabancılarla evlilikler yasaklanacaktır” gibi söylemlerin ve ırkçılığın (işin ahlaki/etik tarafından bağımsız olarak) hiçbir bilimsel temelinin olmadığından ve (ii) ‘Türk geni’ söyleminin muğlaklığı ve mantıksızlığından bahsedeceğim (Not: ironi içerir – her ne kadar da bu konuda fazla yetenekli olmasam da 😉 )
Kitap tavsiyesi:
How to Argue With a Racist: History, Science, Race and Reality – Adam Rutherford
Kaynaklar:
1- Biyoloji (sadece bildiklerimiz) ve ırkçıların odaklandıkları (Tweet)
Solda: biyoloji (sadece bildiklerimiz)
Sağda: ırkçıların odaklandığı (melanin üretimi cilt rengini belirler – soldaki resimde de içi boş bir kırmızı daireyle gösterilmiştir)
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı bilim soslu safsatalar hakkında yorumlarımı sunuyorum. ‘Az iş çok laf’ serisinde ise Fikri’yle beraber genelde, başarılı, bilgili ve ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf ya da #Ondandabok hashtaglerini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
Ondan da b*k – Bilim: Bölüm 2: Aşı karşıtlığı ve ‘büyük oyun’ (01/02/21)
Bu bölümde aşı karşıtlarından ve ‘büyük oyunu’ gören vatandaşlarımızdan bahsedeceğim(Not: ironi içerir – her ne kadar da bu konuda fazla yetenekli olmasam da 😉 )
Sağlık konusunda bilim insanlarına itimat etmiyorsanız, bari zengin elitlerin ne yaptığına bakın – çünkü onların tabir-i caizse ‘canları tatlıdır’ ve genelde uzun ve sağlıklı bir hayat sürdürürler 😉 COVID-19 aşısını yaptırıp-yaptırmama konusunda da kararsız kaldıysanız şunu bilin isterim: zengin elitler gerekirse farklı ülkelere uçup aşıyı yaptırıyorlar. (“elit” eşittir “ünlü” değil bu arada – İngiliz kraliyet ailesi, Gelişmiş ülkelerde yaşayan aristokrat aileler, üst düzey hakimler vs. gibi gerçek elitler)
Kaynaklar:
1- İlk onaylanmış COVID-19 aşısını üreten BioNtech biyoteknoloji şirketinin kurucusu Prof. Uğur Şahin ve Dr Özlem Türeci (Tweet)
Bu resme bakıp "Korona laboratuvarda üretildi ve aşısı zaten hazırdı!", "Korona-morona hikaye; asıl sorun 5G!" diyenlerden birkaçı "yanılmışım" der mi acaba?
Ayrıca, samimiyetle "bu süreçte yanıldım" diyen (Yabancı/Türk) birkaç insan arıyorum ama çogumuz en baştan herşeyi bilmiş https://t.co/LS39Z8Joi1
2- Andrew Wakefield’in ‘Otizm ve MMR aşısı’ makalesiyle ilgili (en ünlü tıp dergilerinden biri) The BMJ dergisinde yayınlanan yazı: Wakefield’s article linking MMR vaccine and autism was fraudulent (Link)
4- Çeşitli hastalıkların aşı bulunduktan önce ve sonra ölüm oranları: How Vaccines Have Changed Our World In One Graphic (Link)
Toptan aşı karşıtlarına tokat gibi bir grafik. (Grafikteki rakamlar 2007’den) Sadece Amerika’da difteriden senede >20 bin insan vefat ediyormuş. Difteri aşıları geliştirildikten sonra ise hiç ölüm kaydedilmemiş. Diğer aşıların da istatistiğini paylaştığım linkte ve başka kaynaklardan da bulabilirsiniz. Kaynak: Leon Farrant
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı bilim soslu safsatalar hakkında yorumlarımı sunuyorum. ‘Az iş çok laf’ serisinde ise Fikri’yle beraber genelde, başarılı, bilgili ve ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf ya da #Ondandabok hashtaglerini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
Ondan da b*k – Bilim: Bölüm 1: Bilim ve insan (01/02/21)
Bu bölümde bilimin kendisi ve bilim insanları arasındaki ilişkiden bahsedeceğim (Not: ironi içerir – her ne kadar da bu konuda fazla yetenekli olmasam da 😉 )
Bence (az ya da çok farketmez) veri analizi veya yorumlaması yapan her genç bilim insanının okuması gereken 5 kitap: 1- The Art of Statistics: How to Learn from Data (D. Spiegelhalter)
Fizik, Biyoloji, Kimya, Jeoloji gibi ‘doğal bilimler’ dünyasının en gözde basım evlerinden biri olan Nature Publishing Group’un (@nature) 2016’dan beri her sene yayınladığı ‘Nature Index’ (2020) sıralaması açıklandı geçenlerde.
2- Dr Amy Cuddy’nin TED Talks konuşması – bölümün yayınlandığı günde toplam >60 milyon insan izlemiş (Link)
3- Google Scholar – merak ettiğiniz akademisyen/bilim insanının ismini yazmanız yeterli genelde (Link)
4- Blog yazım: Müslüman bir genetikçi olarak evrim teorisi hakkında görüşlerim (Blog) (Not: yayında bahsettiğim yazı da 2009’da kaleme alınmıştı – isterseniz blogumda paylaştığım ingilizce yazılar arasından araştırıp bulabilirsiniz 😀 )
5- Blog yazım: Okuduğumuz sağlık haberleri ne kadar doğru? (Blog)
6- Gözlem, hipotez ve (deneyle desteklenmiş) teori üzerine bir bilgisel (Twitter)
Bu yüzden genel halka oranla milyoner olma “isteği"* ya da milyoner olmayı gerektiren “şartlar”* doktora yapanlar arasında daha düşük oranlarda olacaktır ve bundan dolayı basit bir analiz yaparsanız doktora yapmakla milyoner olma arasında NEGATİF bir ilişki bulursunuz. pic.twitter.com/VR5BsPvQEp
— A. Mesut Erzurumluoğlu (@mesuturkiye) May 23, 2020
“Doktora yaparsanız fakir olursunuz” (şimdi silinmiş)tweetinin problemleri üzerine epidemiyolojik bir bilgisel yazmıştım
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı bilim soslu safsatalar hakkında yorumlarımı sunuyorum. ‘Az iş çok laf’ serisinde ise Fikri’yle beraber genelde, başarılı, bilgili ve ‘cool’ insanlarla hafif konularda muhabbet ediyoruz. Twitter’da #AzIsCokLaf ya da #Ondandabok hashtaglerini kullanarak öneride bulunabilirsiniz. (Not: Yavaş konuştuğumu düşündüğünüz bölümlerde Spotify ya da Youtube’un 1.2x hızlandırma özelliğini kullanabilirsiniz)
‘Ondan da b*k – Bilim’ serisinde farklı (aşı karşıtlığı, düz dünyacılık, ırkçılık gibi) bilim soslu safsatalar hakkında kısaca yorumlarımı sunacağım. Konular ağır olduğu için – seri biraz eğlenceli olsun diye – araya Kemal Sunal filmlerinden replikler de ekleyeceğim.
Not: Bu seri bol bol ironi içerir – her ne kadar da bu konuda fazla yetenekli olmasam da 😉
Figure showing excess ‘all-cause’ mortality in Istanbul (Turkey-wide data currently not available) in 2020 compared to 2015-19 averages – up to and including 30th December. We see a sharp increase in the number of excess deaths from week 11 onwards (i.e. 12th March onwards) – the week when the SARS-CoV-2 outbreak seems to have really took off in Istanbul. Reported number of total COVID-19 deaths on 30th December for Turkey was 20,642 (Reported number of total COVID-19 deaths on 25th October for Istanbul was 3,253 – last update; source: Ministry of Health/Sağlık Bakanlığı). But between 12th March and 30th December, we estimate excess deaths in Istanbul alone to be ~18,180 (NB: excess deaths were ~30 per week between 1st January and 12th March). Our estimate most likely points to either/both (i) an underestimation of deaths directly caused by COVID-19 and/or (ii) excessive deaths indirectly related to the current COVID-19 epidemic in Turkey. Both reasons deserve an extensive investigation by the media. Important notes: This figure will be updated and shared on my Twitter feed every few weeks until the end of 2020 (the commentary below – posted 25th May 2020 – will not be updated). The current (red line) plot finishes on the 52nd ‘week’ (i.e. 7-day interval) of 2020 which corresponds to 30th December, but the figures were updated on the 3rd January 2021 because the data provided by Istanbul Metropolitan Municipality is being updated retrospectively – which stabilises after ~7 days. Further details on Istanbul’s death figures can be found here (Mayor of Istanbul’s statement and additional analysis carried out by Financial Times’ analysts) – including details about the initial confusion on whether these figures are ‘burials in Istanbul’ or ‘all deaths in Istanbul’. Plot wholly generated using the ggplot2 library in R.
Prominent newspapers in Turkey (e.g. Cumhuriyet, BirGün, duvaR, T24 – with >1M followers)have picked up on our analysis (incl. commentaries such as: Sınırlı veri, sınırsız pandemi)
Commentary/discussion (25/05/2020)
Excess ‘all-cause mortality’ (that is, deaths from all causes – not just COVID-19) is probably the most informative statistic when comparing countries as there is no standard in reporting COVID-19 deaths between countries (e.g. differential PCR-based testing accuracy, cause of death coded differently e.g. dying with vs due to COVID-19). Premature deaths are also the ultimate outcome to prevent* and easy to measure – making it less likely to be affected by measurement error. Excess all-cause mortality comparisons have their own caveats when comparing all the countries in the world as many countries aren’t transparent even in this regard (e.g. isolated and/or autocratic countries). However, we can still access reliable data from plenty of developed and developing countries – including cities with relatively autonomous local governments (e.g. Istanbul) in countries known to have ‘transparency’ issues.
All-cause mortality statistics can be very useful for acountry/government to analyse how good it is tackling the multi-factorial challenges posed by the epidemic. As is shown in the above figure, analysing excess all-cause mortality will point us to deaths directly and indirectly related to the SARS-CoV-2 epidemic in Turkey. The indirect reasons include (not exhaustive): (i) people being scared to go to hospitals when they should have (and therefore died and not tested), and (ii) when they do, they may not have received the treatment they otherwise would have got due to insufficient number of beds, doctors/nurses.
I really like this figure by the Office of National Statistics (ONS; United Kingdom) as it can be very informative in preventing further unnecessary deaths. An analysis like this can point us to the indirect causes of excess deaths due to the epidemic. For example, there seems to be more people dying of Dementia/Alzheimer disease in England in April 2020 compared to the previous years, thus the causes of this spike should be further looked into (e.g. is it misdiagnosis or due to insufficient treatment?). There also seems to be less dying because of ischaemic heart disease, which probably means some of those who would have died in 2020 because of heart disease died due to COVID-19 – which makes sense as most who have died from COVID-19 were >65 aged men. Turkey (and all countries) should also make this data available. Image source: ons.gov.uk
We should note that (i) 2020’s Istanbul is a relatively less lively city than 2015-19’s Istanbul (e.g. less traffic on the roads and people on the streets) as there have been varying lockdown measures in the last couple of months, and (ii) we do not have access to Turkey-wide data to estimate what the total excess death figure in Turkey is. In our analysis we calculate excess deaths in Istanbul by comparing 2020’s results with 2015-10 averages. So, it is possible that the excess deaths are even higher in Istanbul (and most metropolitan cities around the world). This is something the Turkish government needs to be transparent and open to suggestions/improvement about. They clearly need help but only transparency can ensure that there is minimal unnecessary deaths.
The reasons behind excess deaths and whether the government could have done something about them should also be factored into whether a government is successful or not as very high excess all-cause mortality figures will show that they have tried to tackle this multidimensional problem using narrow-minded approaches. Especially the media need to ask the right questions (e.g. why is Turkey-wide data not available? what are the causes of these excess deaths? what is being done about them? who are advising the Turkish government?).
Aside from current excess deaths, long-term strategies should also be carefully taken – as although current excess deaths maybe low now for some countries (possibly including Turkey – we don’t know for sure), it may end up being as bad as other ‘poorly’ performing countries come the end of 2020 (with the additional ‘double whammy’ of destroying the economy of the country due to stricter lockdown measures). I therefore do not share the view of many academics who are repeatedly calling some countries ‘very successful’ as I think it’s too early to call any country ‘successful’ now. For me, there can only be ‘unsuccessful’ countries at the moment (e.g. Brazil seems to be a clear example of this – unless there are huge changes in policy by the government).
Finally, I value this exercise as I don’t think the media in Turkey is doing a good job of looking into what is causing these additional deaths. I will stop contributing to these analyses once I feel this issue is being properly looked in to by the government and the media**.
I am open to suggestions and criticism regarding these analyses. I am also happy – with appropriate attribution – for anyone to use the figure or the contents of this blog post (including direct Turkish translations).
Thanks for reading!
The official Covid-19 death toll worldwide is above 440,000
But in 27 countries alone, the BBC found at least 130,000 more excess deaths during the pandemic that were not directly attributed to coronavirus
— A. Mesut Erzurumluoğlu (@mesuturkiye) May 25, 2020
Footnotes:
*If I was to provide an extreme example just to prove the point, imagine if whole of the UK was infected (e.g. due there were no lockdowns imposed or the lockdowns didn’t work at all, no education of the public regarding the spread) but there was no deaths from COVID-19 in the country because of world-class treatment provided to all those who were hospitalised, then we could safely say that the UK government/country was very successful. And vice-versa, if the total number of cases was only 100,000 in the whole country but all 100,000 died, then we could easily say – although the lockdowns etc. have worked – that government/country did a terrible job of handling the epidemic.
**There is criticism from some of my Turkish followers on why I’m not doing a similar analysis for the UK (my country of residence). However, similar – and better – analyses have been/are being carried out by scientists and the media professionals for the UK. Needless to say, the media, academia/intelligentsia and civil society in the UK is (i) more inquisitive, and (ii) have considerably more ‘know-how’ than their Turkish counterparts.
PS: Turkish version of the figure will appear on Sarkaç’s Twitter page (@sarkac_org) and blog every week – without the above commentary, as this is solely mine and does not necessarily reflect the views of Sarkaç.
PPS: I’m very concerned about a lack of preparation for an impending (large) earthquake in/near Istanbul. Combining this with more people being at home due to the epidemic, I fear the worst. The government and media must get on this matter as soon as possible.
Önemli not (Ocak 2021): Yazıyı yazdığımda uzmanlar aşıların 1.5-2 seneden önce gelmeyeceğini söylüyordu. Fakat 9-10 ay gibi sürede BioNtech (Pfizer), Moderna, AstraZeneca (Oxford), Sinovac (Çin) aşıları gibi efektif aşılar geliştirildi ve milyonlarca doz üretildi. Boyle bir durumda da yapılacak tek şey öncelikle risk grubundakiler, sonra da (aşıyaalerjisi olanlar ve kemoterapi tedavisi görenler dışında) tüm halkın aşılanması.
Ek (27/02/2021): ‘Pandemide İngiltere ve sağlık sistemi (NHS)’ üzerine söyleşimiz yayınlanmış. 43. dakikadan sonra son bir senede İngiliz Hükümetinin aldığı kararlar ve İngiltere-bazlı bilim insanlarının pandemi sürecine katkıları hakkında konuşuyorum.
Bir Epidemiyolog olduğum için bana da COVID-19’la ilgili çok soru geliyor. Bu blog yazısıyla gözden devamlı kaçırılan birkaç şeyin altını çizmek ve bazı bariz yanlışları* düzeltmek istiyorum:
Herkesin COVID-19 konusunda fikrini beyan etmeden (ya da mantıksız bir soru sormadan) önce aşağıdakileri göz önünde bulundurması lazım. Bunlar artık çoğumuzun bildiği şeyler ama ben yine de tekrar edeyim çünkü hala durumu tam anlamayan insanların sayısı hiç de az değil:
Öncelikle ortada daha önce görülmemiş bir virüs var. Kuluçka süresi iki haftaya kadar çıkabiliyor ve (Çin dışında) diğer ülkeler – özellikle çok turist alan ülkeler – daha farkına varmadan pandemik seviyelere ulaşmış. Yani İngiltere, İtalya, İspanya, Türkiye ya da ABD hükümetlerinin kendi ülkelerindeki salgını engellemesi neredeyse imkansızdı. Ama bu demek değil ki hükümetlerin herhangi bir sorumluluğu yok. (6’ncı bölümde sıraladım bazılarını)
Hastalanmadan atlatmamızı sağlayacak bir aşı ya da hastalanırsak bizi iyileştirecek kanıtlanmış birtedavi henüz yok. Böyle bir ortamda, özellikle büyük şehirlerde yaşayanların artık şunu anlaması gerekiyor: Bugün değilse yarın, yarın değilse bir sene içinde SARS-CoV-2 çoğumuza bulaşacak (Not: Boris Johnson ve Prince Charles’a bile bulaştı!).
Bu saatten sonra toplum olarak elimizi yıkayarak, insanlardan uzak durarak, sokağa çıkma yasaklarına riayet ederek toplum bazında sadece yayılma hızını yavaşlatabiliriz – ki hükümetlerin şu anda aldığı her kararın altındaki mantık da bu olmalı. Büyük şehirlerde yayılmasını engellememiz neredeyse imkansız. Bütün ülkeyi karantinaya alıp, hayatı tamamen durdurmanız gerekir ki bunu hiçbir ülke ve toplum uzun süre kaldıramaz. Hayatın minimum seviyede işlemesi için bile kritik işlerde çalışan doktor/hemşireler, bazı çocuk bakıcıları ve öğretmenler, polis, fırıncılar, market çalışanları, çöpçüler, postacılar, sosyal hizmet görevlileri, hatta gazeteciler (liste uzun) sokağa inmek ve çalışmak zorunda.
Maalesef neredeyse her ülke bu salgına hazırlıksız yakalandı. Bu konuda hükümetleri eleştirmeliyiz. Örneğin İngiltere gibi gelişmiş bir ülkede yoğun bakım yatak sayısı OECD averajlarının bile altındaydı. Haklı olarak bu konuda çok eleştirildi.
Şimdi ise işin en yanlış anlaşıldığını düşündüğüm konuya gelmek istiyorum: İngiltere’nin başta sunduğu “sürü bağışıklığı” stratejisini birçok bilim insanı dahi yanlış anladı. Yayınlanan raporları İngiliz gazetecilerin ve bilim insanlarının dahi tam okuduğuna inanmıyorum. Bizim medya ise orada yazılanları çevirip yayınlıyor genelde. Bir de İngiltere Hükümetinde kararları Boris Johnson’ın kafasına göre verdiğini sanıyordu birçok insan – hala böyle sananların sayısı az değil. Kendisine ve partisine hiç oy vermedim fakat hakkını vermek lazım bu sürecin en başında İngiltere’nin en iyi üniversitelerinden viroloji, epidemiyoloji, tıp, genetik ve medikal istatistik uzmanlarını topladı ve bu kurulun yayınladığı raporlara göre stratejisini belirledi hep. Bu raporlar diğer ülkeler için de örnek oldu; olmalı…
Bilmeyenler için İngiliz Hükümetinin stratejisi başta kısaca şuydu: Madem bu virüs artık durdurulamaz (doğru!) ve çok büyük oranda yaşlılara zarar veriyor (doğru!) – ilginç bir şekilde cocuklara da fazla zarar vermiyor, o zaman yaşlılara biz “evde durun!” diyelim (doğru karar!). Bu süreçte de kontrollü bir sekilde gençlere bulaşsın ve toplum bağışıklığı (herd immunity) oluşsun (o zamanki verilere göre mantıklı – doğru demiyorum – bir karar). Bu sayede “hem halk sağlığı açısından, hem de ekonomik açıdan nispeten az zararla bu işten sıyrılabiliriz” diye düşündüler ki birçok epidemiyoloji uzmanı dahi bu “stratified lockdown” (kısaca, toplumun “yüksek riskte olan” kısmının evde durması) stratejisini mantıklı ve sürdürebilir buldu**. Ben de Türkiye medyası ve Twitter’ında “Ingilizlerin stratejisi ‘ölen ölsün, kalan sağlar bizimdir!’” tarzı yüzlerce (gereksiz ve yanlış ama) popüler tweet/haber görünce – çok tweet atmamaya özen göstermeme rağmen – birkaç kez bunu yazdım.
Her ne kadar bu ilk strateji mantıklı olsa da işler hükümetin ümit ettiği ‘en güzel’ senaryoya göre gitmedi. Örneğin sonradan ortaya çıkan veriler İngiltere’de yaşlılara da beklenenden fazla bulaşmış olduğunu gösterdi – çünkü o zaman bilinen COVID-19 belirtilerine bakılarak yayılmasını engelleme adına “öksürüğü ya da ateşi olanlar evde kalsın” dendi ama semptomsuz ya da çok hafif şekilde atlatan bir sürü insan olduğu ortaya çıktı. Ayrıca KOAH, astım, diyabet, obezite gibi kronik hastalığı olanlar, immün sistemi zayıf olanlar ve ya hipertansiyonu olanlar da “riskli” grubuna dahil edildi – çünkü bu insanlar da nispeten genç olsa dahi hastanelik olmaya başladılar. Bu da hem ‘yüksek riskte olanlar’ grubunun bir anda ~2 kat büyümesi, hem de zaten çok fazla yaşlı ve kronik hastanın tedavi gördüğü hastanelerin dolup-taşması anlamına gelecekti. Yani COVID-19 yüzünden hastanelik olanlar için düzgün bir tedavi süreci geçirse averajda ölme ihtimali belki %1 iken (gençler için çok daha düşük) bu ihtimali %5-10’lara çıkaracaktı. Bu yüzden – bu insanların hayatını gereksiz riske sokmamak için – daha sert politikalar uygulamak zorunda kaldılar. Ayrıca Londra’da ve Birmingham gibi diğer büyük şehirlerde yoğun bakım yatak sayısını çok kısa sürede iki katına çıkardılar. Insanlar gereksiz yere evden çıkmasınlar diye de geniş çaplı ekonomik paketler açıkladılar. Bu konuda dünya standartlarında bir bilim kurulu topladığı, onları dinlediği ve dinamik bir politika izlediği için İngiliz hükümetini – böyle bir pandemiye hazırlıksız yakalanmanın dışında – başarılı buluyorum***. Bunu söylemek bile abes ama “yaşlılardan, kronik hastalığı olanlardan ne kadar öldürsek kardır” deseler hiçbir önlem almaz, ya da alır gibi yaparlardı biterdi.
6. Umarım buraya kadar kendimi anlatabilmişimdir çünkü işin asıl noktasına gelmek istiyorum: Bir aşı geliştirilmesi ~1.5 seneyi bulacak, tedavilerin ise ne zaman geliştirileceği belli değil. Hiçbir ülkenin kendini dış dünyaya 1.5 sene kapatamayacağı aşikar. Bu da aslında her ülke – sağlık sistemini hazır hale getirdikten sonra – kontrollü “toplum bağışıklığı” stratejisini yavaştan denemek zorunda demek. Çünkü bu bağışıklık seviyesine (kızamık için bu seviye ~%95; COVID-19 içinse ~%60) erişilene kadar SARS-CoV-2 hükümetlere problem olmaya devam edecek. İstediğiniz kadar ülkede sokağa çıkma yasağı getirin, gevşetildiği an büyük şehirlerde 2’nci, 3’ncü dalgalar gelecek. Çoğu salgın hastalık (kızamık, çiçek hastalığı, grip) gibi SARS-CoV-2 için de er ya da geç toplum bağışıklığı geliştirmek zorundayız.
Bir daha yazmak istiyorum: Er ya da geç toplum bağışıklığı geliştirmek zorundayız!
Bu bir pandemi; hem de hazırlıksız yakalanılan bir pandemi. Maalesef bu >1 yıllık süreçte insanlar öldü; ölecek. Ama hastanelik olanlar düzgün bir tedavi süreci geçirirse bu sayılar minimumda kalacak (bu ‘minimum’ ülkeden ülkeye degişen bir sayı****). Bizler birey olarak hükümetler sağlık sistemi olsun, açıklanan ekonomik paketler olsun “yapabileceklerini yaptılar mı?” buna bakmamız lazım. Ülkelerin hasta ya da ölüm sayılarını vs. karşılaştırmaktan ziyade örneğin “hastanelik olanlar düzgün bir tedavi süreci geçiriyorlar mı?”, “evden çıkmaması gerekenleri destek için ne yapılıyor?”, “şu anda yapılan PCR-bazlı testler yeterli/güvenilir mi?”, “serolojik***** testlere ne zaman ulaşabileceğiz ve ücreti ne olacak?” gibi soruların cevabını aramalı ve bu konularda hükümetlere baskı kurmalıyız. Bu da toplumun ve özellikle de medyanın hesap sorması ve doğru soruları sormasının önemini gösteriyor.
7. Son olarak şunu da belirtmek istiyorum: SARS-CoV-2 yeni bir virüs olduğu için bu işin direk uzmanı sayılacak insan çok çok az (yok demiyorum!) ama uzmana en yakın sayılabilecekler (Marc Lipsitch, Christian Drosten, Rachel Roper, Michael Farzan gibi) koronavirüs ‘ailesi’ üzerine çalışmış insanlardır. Sonra bulaşıcı hastalıklar üzerine çalışan epidemiyologlardır (infectious disease epidemiology). “Konuşabilecekler” listesinin en sonunda ise belki benim gibi eline bir epidemiyoloji makalesi aldığında okuduğunu anlayanlar gelir (belki bulaşıcı olmayan hastalık epidemiyolojisi, moleküler biyoloji, genetik gibi alanlarda çalışan tecrübeli bilim insanları). Bu listenin dışındakilerin COVID-19’la ilgili yazdıklarının – kendi alanlarıyla ilgili değilse – bir değeri yoktur.
Bu arada amacım kimsenin fikrini değiştirmek değil, sadece fikrini beyan etmeden önce biraz daha araştırma yapmaya ve olayın ne kadar kompleks (sadece halk sağlığı değil, ekonomik, psikolojik, lojistik ve sosyolojik taraflarının da) olduğunu gözden kaçırmama konusunda tavsiyede bulunmaktır.
Okuduğunuz için teşekkürler. Umarım faydalı olmuştur.
SARS-CoV-2’yi çok ‘sinsi’ yapan özelliklerinden birisi ‘kuluçka’ (Incubation) döneminin uzunluğunun yanı sıra ‘gizli’ (Latent) döneminin de nispeten kısa olması. Bu sayede ‘Belirtisiz bulaştırma’ (Subclinical infectious) dönemi uzuyor ve birçok insan daha semptomları bile başlamadan bulaştırmaya başlıyor. Image adapted from: Arzt et al (2019)
Dipnotlar (önemli!)
*Bu konuda fikrini paylaşan birçok insan SARS-CoV-2 (virüsün ismi) ve COVID-19 (hastalığın ismi) arasındaki farkı bile bilmiyor!
**Çin’in ‘full lockdown’ stratejisini övenler (ben bu gruba katılmıyorum çünkü bu konuda sağlıklı haberler aldığımızı düşünmüyorum – bir başarıdan söz etmek için önce transparan olunmalı. Çin’i öven ama Batılı ülkelerde yaşayan akademisyenlerin de uzmanlıgı ve olaylara onyargısız bakabildiginden şüphe ediyorum), Çin gibi bir ülkede yaşamayı göze alıyorlar mı? Batı toplumlarında herkesin her adımının takip edildiği bir sisteme – kısa süreliğine dahi – sivil toplum izin vermez. Çocugunuzun (kanser, diyabet gibi) kronik bir hastalıgı olsaydı da “Çin gibi ülkeyi tamamen kapatın hemen!” der miydiniz? Çünkü bu işler plansız-projesiz yapıldıgı zaman belki COVID-19’dan ölmeyeceksiniz ama sizin ya da hasta çocugunuzun başka bir hastalıktan ölme ihtimali yükselecek. Çin ve benzeri ülkelerin kullandıgı taktiklerin birey ve toplum için kısa ve uzun vadede (varsa!) faydalarından çok zararı olduğu aşikar ama burada özgürlükçü, liberal “Batı” insanıyla, devletçi, milliyetçi “Doğu” insanı arasında anlaşmazlıklar var. Ülkemizde her iki mentaliteden de insan çok – bu yüzden çatışma da çok.
***Tabi ki şu ana (7 Nisan) kadar – yoksa süreç neyi gösterir bilemem. Özellikle hala doktor ve hemşireler icin maske ve test yetersizliğinden bahsediliyor. Bunların tedariki daha da uzarsa bu konuda fikrim değişecektir.
Ek (20/05/20): Yukarıda söylediklerimin/övgülerimin >%95 arkasında olmakla beraber, artık İngiliz Hükümetini pandemiden sonraki hamlelerinden dolayı genelde başarısız buluyorum. Özellikle halkailetişim ve sağlık personeline güvenilir ve yeterli düzeyde koruyucu malzemetedariki konusunda sınıfta kaldıklarını düşünüyorum – ki bu iki faktör kritikti.
****Bu da 2020 sonundaki toplam ölüm sayılarıyla 2019’un ölüm sayıları kıyaslandığında anca ortaya çıkacaktır.
*****(Güvenilir) Serolojik testlerle birey olarak “bağışıklık kazanmış mıyız?” bunu öğrenebilir ve normal hayata geri dönüp, mahallemizde bize düşen maddi-manevi işleri yerine getirebiliriz – özellikle evden dışarı çıkmaması gereken yaşlılar, kronik hastalara vs. yardımcı olabiliriz.
Konuyla ilgili ekstra detaylar/Tweetler:
1- Gazete duvaR’dan Nida Dinçtürk’e verdiğim röportaj
2- ‘Herd immunity’nin teorisi ile ilgili kapsamlı (ingilizce) bir makale – okumayan/anlamayan bence bu konuda en azından kesin konuşmasın
— A. Mesut Erzurumluoğlu (@mesuturkiye) April 4, 2020
5- SARS-CoV-2: Bir yağ topçuğunun içine saklanmış bir RNA molekülü
Bir yağ topçuğunun içine saklanan bir RNA molekülünün yaptıkları gerçekten inanılmaz. Üniversitede viroloji dersleri aldım fakat detayları unutmuştum.
SARS-CoV-2 hücreyi birçok kez kandırıyor: Hücreye giriş -> "Manto"sunu çıkarttırıyor -> RNA kopyalama -> Yeni "manto" -> Çıkış pic.twitter.com/HITy1ryXGq
6- Istanbul’da haftalık ölum sayıları – her hafta yayınlanacak:
Bu grafiğin mavi kısımlarında İstanbul'da 2015'ten beri en yüksek ve en düşük ölüm sayıları hafta hafta gösteriliyor (1: Ocak'ın ilk haftası ~1.5-1.9k). Kırmızı çizgi ise bu senenin sayıları. Görüldüğü üzere "normal" geçen ilk 3 aydan sonra ölümlerde keskin bir artış var #covid19https://t.co/2aF7aXhOzv
8- 10 Nisan teoriyle pratiğin çatıştığı bir gün oldu Türkiye için: İnsanların kontrolsüz bir şekilde enfekte edilmesi hem variolizasyon (kontrollü enfekte etmek), hem de vaksinasyona (güvenilirliği test edilmiş bir aşı kullanmak) göre çok daha riskli
"Zamanında aşı mı vardı?" diyenlere cevap: Eskiden variolizasyon* vardı. Bu görüntüler de onun kötü bir örneği…
*patojenden ÇOK AZ bir miktar kullanarak kişilere aşılama – tabi vaksinasyona göre daha tehlikeliydi – özellikle dozaj tutturulamadığında#COVID19#Koronavirusuhttps://t.co/1ixcKNsF8Z
Nida Dinçtürk’ün (i) Ingiltere’nin SARS-CoV-2 (COVID-19’a yol açan virüsün ismi) salgını politikası, (ii) çalıştığım alan olan Genetik Epidemiyoloji ve (iii) akademik kariyerim hakkındaki sorularını kısaca yanıtladım. Habere ulaşmak için tıklayın. (Not: ‘Marbour’, ‘Marburg’ olacaktı – herhalde editlenirken yanlış kaleme alındı. Başlıkdaki ‘Pandemik olmasını’ yerine de ‘SARS-CoV-2 salgınını’ yazmak daha doğru)
Son dönemlerde (Genetik) Epidemiyolog olduğum için onlarca Türkiye-bazlı TV kanalı ve online medya kuruluşundan yayına çıkma teklifi aldım. Fakat (i) Türkiye’yle ilgili benden daha bilgili ve ilgili insanlar olduğu için ve (ii) diyabet, obezite gibi salgın olmayan hastalıkların epidemiyolojisi üzerine çalıştığım için SARS-CoV-2 salgını hakkında söyleyebileceğim en fazla 3-5 şey olabilir. Onları da blogum ve Twitter’dan paylaşıyorum zaten. Aynı şeyleri devamlı söylemeyi de sevmediğimden (ve ünlü olma derdim olmadığından) kanallara çıkmayı reddettim.
Aşağıdaki iki ropörtajı kabul etmemin sebebi ise biri zaten benim başarılarım ve hayat hikayemle ilgili bir ropörtajdı (tabi koronavirusünden de sorular sordular); diğerinde ise Londra’da yaşayan Türk/Kürt’ler arasında çok fazla yanlış anlama ve korku olduğunu söylediler. Ben de görev bilinciyle kabul ettim. Yoksa dediğim gibi işi ehline bırakmayı tercih ediyorum böyle halk sağlığını etkileyebilecek konularda. Yüzbinlerce insanın izleyebileceği kanallara çıkıp potansiyel olarak gereksiz yanlış anlaşılmaya sebep vermek istemedim; istemem.
Roportajları okumak isteyenler için ilgili tweetler/linkler:
Cambridge Üniversitesi'nde genetik epidemiyolog olarak çalışan Mesut Erzurumluoğlu (@mesuturkiye) ile COVID-19'un endemiden pandemiye dönüşme sürecini, İngiltere'nin mücadele stratejisini ve genlerin bu virüse yakalanmada rolü olup olmadığını konuştuk. https://t.co/G1NaG6BMlk
An ordinary blog by an ordinary bloke 
