by Dr A. Mesut Erzurumluoğlu | Principal Bioinformatician at Bicycle Therapeutics (formerly at Boehringer Ingelheim, and Univs. of Cambridge, Leicester & Bristol) – blogging since 2006. All views mine unless stated otherwise
We – as a group – carried out the largest genome-wide association study to identify genetic variants that are associated with decreased lung function and increased risk of chronic obstructive pulmonary disease. We hope that our findings will ultimately lead to the identification of effective drug targets for COPD. Image source: University of Leicester
I remember reading somewhere that ‘if you get asked the same question three times, then write a blog post about it’. That’s what I’ve been doing so far, and the purpose of this blog post is the same: to try and provide an answer to a commonly asked question. (Important note: my answers are in no way authoritative and only meant for interested non-scientists)
As a ‘Genetic Epidemiologist’, I constantly get asked what I do and what my (replace ‘my’ with ‘our’, as I do everything within a team) research can lead to. Please see my previous post ‘Searching for “Breathtaking” genes. Literally!‘ and My Research page for short answers to these questions. In tandem to these, I am constantly asked ‘why we can’t find a ‘cure’ for (noncommunicable) diseases that affect/will affect most of us such as obesity, diabetes, cancer, COPD – although there are many scientific advancements?’. I looked around for a straight forward example, but couldn’t find one (probably didn’t look hard enough!). So I decided to write my own.
I will first try and put the question into context: We do have ‘therapies’ and ‘preventive measures’ for most diseases and sometimes making that distinction from ‘a cure’ answers their question. For example, coronary heart disease (CHD) is a major cause of death both in the UK and worldwide (see NHS page for details) but we know how we can prevent many CHD cases (e.g. lowering cholesterol, stopping smoking, regular exercise) and treat CHD patients (e.g. statins, aspirin, ACE inhibitors). However, there are currently there are no ‘cures’ for CHD. So once a person is diagnosed with CHD, it is currently impossible to cure them from it, but doctors can offer quite a few options to make their life better.
I then gave it some thought about why finding a ‘cure’ was so hard for most diseases, and came up with the below analogy of a river/sea, water dam, and a nicely functioning village/city (excuse my awful drawing!).
The first figure below sets the scene: there’s a water dam that’s keeping the river from flooding and damaging the nice village/city next to it. Now please read the caption of the below figure to make sense of how they’re related to a disease.
The river/sea is the combination of your genetic risk (e.g. you could have inherited genetic variants from your parents that increased your chances of type-2 diabetes) and environmental exposures (e.g. for type-2 diabetes, that would be being obese, eating high sugar content diet, smoking). The water dam is your immune system and/or mechanisms in your body which tame the sea of risk factors to ensure that everything in your body work fine (e.g. pancreatic islet cells have beta cells which produce insulin to lower your glucose levels back to normal levels – which would be damaging to the body’s organs if it stayed high).
So to ‘prevent’ a disease (well, flooding in this case), we could (i) make the water dam taller, (ii) make the dam stronger, and (iii) do regular checks to patch any damage done to the dam. To provide an example, for type-2 diabetes, point (i) could correspond to being ‘fit’ (or playing with your genes, which currently isn’t possible), point (ii) could correspond to staying ‘fit’, and point (iii) could correspond to having regular check-ups to see whether any preventive measures are necessary. Hope that made sense. If not, please stop reading immediately and look for other blog posts on the subject matter 🙂
Using the figure below, I wanted to then move to ‘therapy’. So as you can see, the river has flooded i.e. this individual has the disease (e.g. type-2 diabetes as above). The water dam is now not doing a good job of stopping the river and the city is in danger of being destroyed. But we have treatments: (i) The (badly drawn) water pumping trucks suck up excess water, and (ii) we have now built a second (smaller) dam to protect the houses and/or slow the flow of the water. Again, to provide an example using type-2 diabetes, water pumping trucks could be analogous to insulin or metformin injections, and the smaller dams could be changing current diet to a ‘low sugar’ version. This way we can alleviate the effects of the current and future ‘floods’.
Analogy for therapy/treatment – after being diagnosed with the disease
Finally, we move on to our main question: ‘the cure’. Using the same analogy as above, as the water dam is now dysfunctional, the only way to stop future ‘floods’ would be to design a sewage system that can mop up all water that could come towards the city. Of course the water dam and ‘old city’ was destroyed/damaged due to past floods, so we’d need to build a new functioning city to take over the job of the old one. A related real example (off the top of my head) could be to remove the damaged tissues and replace them with new ones. Genetic engineering (using CRISPR/Cas9) and/or stem cell techniques are likely to offer useful options in the future.
Analogy for cure – after being diagnosed with the disease
Hopefully it is now clear that the measures taken to prevent or treat the disease, cannot be used to cure the disease. E.g. you can build another dam in place of the old one, but the city is already destroyed so that’s not going to be of any use in curing the disease.
So to sum up, diseases like obesity, cancer, COPD are very complex diseases – in fact they’re called ‘complex diseases’ in the literature – and understanding their underlying biology is very hard (e.g. hundreds of genes and environmental exposures could combine to cause them). We’re currently identifying many causal variants but turning these findings into ‘cures’ is a challenge that we have not been able to crack yet. However, it is clear that the methods that we currently use to identify preventive measures and therapies cannot be used to identify cures.
I hope that was helpful. I’d be very happy to read your comments/suggestions and share credit with contributing scientists. Thanks for reading!
BBC news article published on the 18th March 2018. According to the article, men with low sperm counts are at a higher risk of disease/health problems. However, this is unlikely to be a causal relationship and more likely to be a spurious correlation. May even turn out to be the other way round due to “reverse causality”, a bias we encounter a lot in epidemiological studies. The following sounds more plausible (to me at least!): “Men with disease/health problems are likely to have low sperm counts” (likely cause: men with health problems tended to smoke more in general and this caused low sperm counts in those individuals).
As an enthusiastic genetic epidemiologist (keyword here: epidemiologist), I try to keep in touch with the latest developments in medicine and epidemiology. However, it is impossible to read all articles that come out as there is a lot of epidemiology and/or medicine papers published daily (in fact, too much!). For this reason, instead of reading the original academic papers (excluding papers in my specific field), I try to skim read from reputable news outlets such as the BBC, The Guardian and Medscape (mostly via Twitter). However, health news even in these respectable media outlets are full of wrong and/or oversensationalised titles: they either oversensationalise what the scientist has said or take the word of the scientist they contact – who are not infallible and can sometimes believe in their own hypotheses too much.
It wouldn’t harm us too much if the message of an astrophysics related publication is misinterpreted but we couldn’t say the same with health related news. Many people take these news articles as gospel truth and make lifestyle changes accordingly. Probably the best example for this is the Andrew Wakefield scandal in 1998 – where he claimed that the MMR vaccine caused autism and gastro-intestinal disease but later investigations showed that he had undeclared conflicts of interest and had faked most of the results (click here for a detailed article in the scandal). Many “anti-vaccination” (aka anti-vax) groups used his paper to strengthen their arguments and – although now retracted – the paper’s influence can still be felt today as many people, including my friends, do not allow their children to be vaccinated as they falsely think they might succumb to diseases like autism because of it.
The first thing we’re taught in our epidemiology course is “correlation does not mean causation.” However, a great deal of epidemiology papers published today report correlations (aka associations) without bringing in other lines of evidence to provide evidence for a causal relationship. Some of the “interesting ones” amongst these findings are then picked up by the media and we see a great deal of news articles with titles such as “coffee causes cancer” or “chocolate eaters are more successful in life”. There have been instances when I read the opposite in the same paper a couple of months later (example: wine drinking is protective/harmful for pregnant women). The problem isn’t caused only due to a lack of scientific method training on the media side, but also due to health scientists who are eager to make a name for themselves in the lay media without making sure that they have done everything they could to ensure that the message they’re giving is correct (e.g. triangulating using different methods). As a scientist who analyses a lot of genetic and phenotypic data, it is relatively easier for me to observe that the size of the data that we’re analysing has grown massively in the last 5-10 years. However, in general, we scientists haven’t been able to receive the computational and statistical training required to handle these ‘big data’. Today’s datasets are so massive that if we take the approach of “let’s analyse everything we got!”, we will find a tonne of correlations in our data whether they make sense or not.
To provide a simple example for illustrative purposes: let’s say that amongst the data we have in our hands, we also have each person’s coffee consumption and lung cancer diagnosis data. If we were to do a simple linear regression analysis between the two, we’d most probably find a positive correlation (i.e. increased coffee consumption means increased risk of lung cancer). 10 more scientists will identify the same correlation if they also get their hands on the same dataset; 3 of them will believe that the correlation is worthy of publication and submit a manuscript to a scientific journal; and one (other two are rejected) will make it past the “peer review” stage of the journal – and this will probably be picked up by a newspaper. Result: “coffee drinking causes lung cancer!”
However, there’s no causal relationship between coffee consumption and lung cancer (not that I know of anyway :D). The reason we find a positive correlation is because there is a third (confounding) factor that is associated with both of them: smoking. Since coffee drinkers smoke more in general and smoking causes lung cancer, if we do not control for smoking in our statistical model, we will find a correlation between coffee drinking and lung cancer. Unfortunately, it is not very easy to eliminate such spurious correlations, therefore health scientists must make sure they use several different methods to support their claims – and not try to publish everything they find (see “publish or perish” for an unfortunate pressure to publish more in scientific circles).
A figure showing the incredible correlation between countries’ annual per capita chocolate consumption and the number of Nobel laureates per 10 million population. Should we then give out chocolate in schools to ensure that the UK wins more Nobel prizes? However, this is likely not a causal relationship as it makes more sense that there is a (confounding) factor that is related to both of them: (most likely) GDP per capita at purchasing power parity. To view even quirkier correlations, I’d recommend this website (by Tyler Vigen). Image source: http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMon1211064.
As a general rule, I keep repeating to friends: the more ‘interesting’ a ‘discovery’ sounds, the more likely it is to be false.
Hard to explain why I think like this but I’ll try: for a result to sound ‘interesting’ to me, it should be an unexpected finding as a result of a radical idea. There are just so many brilliant scientists today that finding unexpected things is becoming less and less likely – as almost every conceivable idea arises and is being tested in several groups around the world, especially in well researched areas such as cancer research. For this reason, the idea of a ‘discovery’ has changed from the days of Newtons and Einsteins. Today, ‘big discoveries’ (e.g. Mendel’s pea experimets, Einstein’s general relativity, Newton’s law of motion) have given way to incremental discoveries, which can be as valuable. So with each (well-designed) study, we’re getting closer and closer to cures/therapies or to a full understanding of underlying biology of diseases. There are still big discoveries made (e.g. CRISPR-Cas9 gene editing technique), but if they weren’t discovered by that respective group, they probably would have been discovered within a short space of time by another group as the discoverers built their research on a lot of other previously published papers. Before, elite scientists such as Newton and Einstein were generations ahead of their time and did most things on their own, but today, even the top scientists are probably not too ahead of a good postdoc as most science literature is out there for all to read in a timely manner (and more democratic compared to the not-so-distant past) and is advancing so fast that everyone is left behind – and we’re all dependent on each other to make discoveries. The days of lone wolves is virtually over as they will get left behind those who work in groups.
To conclude, without carefully reading the scientific paper that the newspaper article is referring to – hopefully they’ve included a link/citation at the bottom of the page! – or seeking what an impartial epidemiologist is saying about it, it’d be wise to take any health-related finding we read in newspapers with a pinch of salt as there are many things that can go wrong when looking for causal relationships – even scientists struggle to make the distinction between correlations and causal relationships.
Amy Cuddy’s very famous ‘Power posing’ talk, which was the most watched video on the TED website for some time. In short, she states that if you give powerful/dominant looking poses, this will induce hormonal changes which will make you confident and relieve stress. However, subsequent studies showed that her ‘finding’ could not be replicated and she that did not analyse her data in the manner expected of a scientist. If a respectable scientist had found such a result, they would have tried to replicate their results; at least would have followed it up with studies which bring other lines of concrete evidence. What does she do? Write a book about it by bringing in anecdotal evidence at best and give a TED talk as if it’s all proven – as becoming famous (by any means necessary) is the ultimate aim for many people; and many academics are no different. Details can be found here. TED talk URL: https://www.ted.com/talks/amy_cuddy_your_body_language_shapes_who_you_are
PS: For readers interested in reading a bit more, I’d like to add a few more sentences. We should apply the below four criteria – as much as we can – to any health news that we read:
(i) Is it evidence based? (e.g. supported by a clinical trial, different experiments) – homeopathy is a bad example in this regard as they’re not supported by clinical trials, hence the name “alternative medicine” (not saying they’re all ineffective and further research is always required but most are very likely to be);
(ii) Does it make sense epidemiologically? (e.g. the example mentioned above i.e. the correlation observed between coffee consumption and lung cancer due to smoking);
(iii) Does it make sense biologically? (e.g. if gene “X” causes eye cancer but the gene is only expressed in the pancreatic cells, then we’ve most probably found the wrong gene)
(iv) Does it make sense statistically? (e.g. was the correct data quality control protocol and statistical method used? See figure below for a data quality problem and how it can cause a spurious correlation in a simple linear regression analysis)
Wrong use of a statistical (linear regression) model. If we were to ignore the outlier data point at the top right of the plot, it becomes easy to see that there is no correlation between the two variables on the X and Y axes. However, since this outlier data point has been left in and a linear regression model has been used, the model identifies a positive correlation between the two variables – we would not have seen that this was a spurious correlation had we not visualised the data.
Önemli not (13/04/20): Evrim teorisine inanan, daha doğrusu, çok kuvvetli delillerin olduğunu gören/ögrenen/bilen, bir müslüman (ilgilenenler için ‘Neden ve nasıl bir müslümanım?’ bölümü en altta) ve bilim insanı olarak bu yazıyı Şubat 2018’de (bugün yazsam biraz farklı bir dil kullanırdım ama) evrime ve evrim teorisine inanmayan müslümanlar için paylaştım. Fazla genetik terim kullanmadan, herşeyi kendimce basitleştirdim (önerilere açığım)… Teknik bilgi ve detay isteyenler en yeni evrimsel biyoloji kitap ve makalelerini okumalı. İngilizce bilenler zaten benim yazımdan ziyade direkt Richard Dawkins’in ‘The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution’ kitabını okusun.
Baştan sona (dipnotlar da dahil) okumayanlar lütfen cevap yazmasın çünkü özellikle giriş kısmı fazla basitleştirildiğinden yanlış anlaşılabilir.
‘Tree of life’ (Hayat ağacı) – karşılaştırmalı DNA analizi yapılarak oluşturulmuş bir figür. İnsanlar (Homo sapiens) ‘Opisthokonts/Animals’ grubunun içinde, çünkü genomumuz ve hücrelerimiz en çok onlarınkine benziyor. Hatta bize genetik olarak en yakın türlerden biri olan şempanzelerle genetik dizilişlerimiz çok yüksek oranda benzerlik gösteriyor ve bizdeki genlerin >%90′ının aşağı-yukarı aynısı onlarda da var. Ayrıca virüsten bakteriye, bitkilerden insana kadar her canlının aynı genetik malzeme/aparat/kod olan DNA’yı kullanıyor olması hala kafamın almadığı birşey ve bu – tek bir Yaratıcının olduğuna inancımı güçlendirmekle beraber – her canlının evrimsel bir ‘aile’nin bir bireyi olduğunu da kanıtlıyor (Image source URL: evolution-textbook.org)
Nerede okudum hatırlamıyorum fakat “bir soru sana üç kez sorulduysa artık blog yazısı yazma vakti gelmiştir” gibi birşey okumuştum birkaç ay önce. Hoşuma gitmişti ve “ben de zamanım oldukça böyle yapmaya çalışacağım” diye kendi kendime karar vermiştim.
Genetik mezunu olduğum ve şimdiki araştırmalarımda da insan genetiğiyle* ilgilendiğim için neredeyse her tanıştığım (özellikle islami camiadan) insan bana evrimden bahsediyor ve fikrimi soruyor. Belki de 30-40 defa aşağı-yukarı aynı şeyleri söyledim son birkaç sene içinde. Birçoğu cevabımı beğenmeyip bir daha yanıma yaklaşmadı ama olsun 😊 Önemli değil. Insanlara kendimi beğendirmeye çalışmayı yıllar önce bıraktım. Insanların da biraz başka fikirlere açık olması, “benim bildiklerim de belki yanlış olabilir” diyebilmesi lazım ama neyse; konumuz bu değil…
Evrim teorisi ve İslam dini/Tanrı inancı konusunda söylenecek çok şey olsa da kısaca fikirlerimi buraya dökmek istiyorum. Önce bilim dunyasındaki gözlemlerimi sıralayacağım, sonra da kendi fikirlerimi ekleyeceğim:
Gözlemlerime göre Avrupa’da biyoloji ve fizikle ilgilenen bilim insanları arasında evrim teorisine hiç inanmayanların sayısı belki de binde bir. Bunların hemen hemen hepsi evrim teorisini çok mantıklı buluyor ve (benim gibi) aralarında Tanrı’ya inananları dahi Tanrı’nın ilk canlıyı yarattıktan sonra diğer milyonlarca türü evrim mekanizmasını kullanarak yaratmış olabileceğine inanıyorlar. Evrim teorisini mantıklı bulmalarının sebebi ise “İslami” kesimden birçok kez duyduğum “vicdanlarında doğruyu biliyorlar ama nefislerine yenilmişler” gibi saçma-sapan bir sebepten dolayı değil, farklı metotlarla elde edilmiş tonlarca datayı analiz ettikten sonra (bir ’empiricist’ olarak) teorinin doğruluğuna gerçekten inanmalarıdır.
Bilimsel bir teoriyi yıkmanın yolları belli – yine bilimle. Ve korkmayın sizden, benden daha akıllı insanlar da bu teoriyi yıkmak ya da geliştirmek adına her tür soruyu sordular ve deneyi yaptılar. Fakat Evrim teorisi bu bilimsel ‘saldırılardan’ daha da güçlü çıktı.
Basit bir şekilde ‘Evrim’ nedir (sağ-alttaki)? Ne değildir (sağ–üstteki)? Bütün canlılarla – maymunlarla da – akrabayız ama maymundan gelmedik! Figurde de görüldüğü gibi evrim teorisine göre ortak bir atamız vardı (Source: matthewbonnan.wordpress.com). (Not: ‘Harun Yahya’ grubunun ‘Atlas of Creation/Yaratılış atlası’ adlı bir kitabı vardı ve daha 20’nci sayfada fecaat bir evrimsel ‘ara form’ tanımı vardı orada – tabi yanlış olduğunu genetik okuduktan sonra anladım: evrim varsa, sözde bir denizyıldızı başka bir balık türüne dönüşmeliydi. Ondan esinlenerek ekledim bu figürü çünkü gençken benim de tüm bilim insanlarına karşı güvenimi sarstı bu tarz kitaplar)
Bu konudaki fikirlerime gelince; öncelikle bilim öğrendikçe bize çocukluktan dayatılan (8., 9. ve 10. yüzyıldan kalma ortodoks Sünni) din anlayışının hayat ve hakikatin karşısında bayağı basit kaldığını daha net görüyor insan. Basit bir örnek olarak: itikadi olarak Ehl-i Sünnet mezheplerden biri sayılan Eşariliğin ilk ortaya çıktığı 10. yüzyıl Irak’ına gelecekten bir (müslüman) bilim insanı gelip “Hocam aslında doğmadan çocuğun cinsiyetini öğrenebiliriz, çünkü Y-kromozomu belirliyor bir çocuğun erkek ya da kız olacağını(Allah’ın yarattığı bir mekanizma bu!)” dese ve buna karşılık “sus kafir! sadece Allah bilir ve belirler herşeyi!” cevabı verilse (ve sonra da “itikadi bozuk!” ya da “fitne yayıyor!” diye taşlansa) herhalde şaşırmayız birçoğumuz. Başka (basit ve yukarıdakinden farklı) bir örnek de ‘dünyanın ve içindekilerinin sadece bizim için yaratılmış olması’. ‘Dünya’ (biyolojik manada) kesinlikle sadece ‘bizim için’ yaratılmamış, biz dünyaya adapte olmuşuz: oksijenin az olduğu dönemde dünyada insan yoktu mesela (sonradan ortaya çıktık); ormanda iki gece yalnız kalsak bizi parçalayacak veya zehirleyecek hayvan ve böcek dolu etraf – bakteri/virus/mantar türlerini saymaya bile gerek yok; kulaklarımız bile ses dalgalarını toplayabilmek için çanak anten şeklinde; örnekleri uzatmaya gerek yok… Demek istediğim, o dönemlerde (mezhep imamları gibi) ameli ve itikadi mezhepleri/sistemleri ortaya atan/geliştiren insanlar çok değerli olsalar da bugün artık ‘mızrak çuvala sığmaz oldu’. Bilimin bulduğu-bulacağı şeylere gözümüzü kapatarak bir yere varamayız – bu mantık nihai olarak Allah’ı ve sünnetini daha iyi anlamamıza engel olacaktır.
Evrim teorisi de (ortodoks Sünni) din anlayışımızı temelden sarsan buluşlardan birisi. Bilmeyenler için biraz açıklamaya çalışacağım bu blog yazımda: öncelikle “mikro” evrimin (tırnak içerisinde yazıyorum çünkü ‘mikro/makro’ diye bir ayrım yapılmıyor bilim çevrelerinde – ama insanlar böyle ikiye ayırınca daha iyi anlıyorlar) gözle dahi görülebilen bir olgu olduğunu söyleyerek başlamak istiyorum. Görsek de görmesek de (görmek istemesek de) her tür genetik olarak evrilir ve nihai olarak yaşadığı ortama adapte olur – adapte olmak zorunda yoksa tür zamanla yok olur. Basit bir örnek olarak insanlarda cilt rengi kullanılabilir: Siyahi insanlar nasıl yaşadıkları ortamlara (Afrika’nın güneşine) adapte olmuşlarsa, beyaz insanlar da kendi (az güneşli) ortamlarına adapte olmuşlardır. Bu basit şekliyle evrimdir. Örnek olsun diye: ilk atamız (bizim inancımıza göre Hz. Adem**) belki de siyahiydi. Fakat zamanla (belki binlerce sene sonra) soyundan gelen insanların genlerinde doğuştan cilt renklerini değiştiren mütasyonlar oluştu ve on binlerce yıllık zamandan sonra bembeyaz, simsiyah ve arası tonlarda insanlar ortaya çıkıverdi dünyanın dört bir yanında (detay). Fakat bu tarz evrim illa başka türlere yol açacak anlamına gelmez. Bu örnekte olduğu gibi siyahisi de, beyazı da (ve arası tonlardakiler de) insan. Başka bir örnek olarak geçen senenin grip aşısının bu sene işe yaramamasının sebebi de ‘mıkro’ evrim (mekanizma: Antigenic drift).
İlk Darwin’in bilimsel bir çerçeveye oturttuğu, sonraki 150 yılda daha da geliştirilen ve güçlenen ‘Evrim teorisi’ ise bu ve buna benzer gözlemleri kullanıp işi birkaç adım öteye taşıyor (“mikro” evrimden “makro” evrime). Çok basitleştirerek (avamca; ‘doğal seleksiyon’, ‘mütasyon’, ‘genetik kayma’, ‘gen akışı’ gibi teknik terimlere girmeden) söylersem, diyorki “nispeten böyle kısa zaman dilimlerinde (binlerce senede) bile evrim kendisini gösterebiliyorsa, milyonlarca (hatta milyarlarca) senede başka türlerin ortaya çıkmasına da sebep olabilir. Öyleyse ilk yaşam formlarının ortaya çıktığı ~3.5 milyar sene öncesinden başlayıp bugünlere doğru gelen hızlandırılmış bir film izleyebilsek, şu anda gözlemlediğimiz her canlı türünün o (bakteri gibi tek hücreli) tek atadan evrimleşerek meydana geldigini görecegiz.” Bu hipotezi desteklemek için sadece bir örnek verecek olursam: Bir kara parçası olarak ~88 milyon sene önce Hindistan altkıtasından fiziki olarak ayrılan Madagaskar adasında bulunan on binden fazla bitki türünün %90‘ından fazlasının dünyanın başka hiçbir yerinde bulunmamasının sebebi (“makro”) evrimdir – yani uzun zaman (milyonlarca yıl) boyunca genetik karışım olmadığı için Madagaskar’a adapte olan bambaşka türler oluşmuş.
Şimdi gördügümüz ya da çoktan yok olmuş milyonlarca tür arasındaki ilişkilerin tartışmaya açık spesifik tarafları olsa da – ki elinize düzgün bir evrimsel biyoloji (evolutionary biology) kitabı/makalesi alsanız bunları sıralarlar – bilimsel bir şekilde evrim teorisine toptan karşı çıkmak imkansız hale gelmiştir. Hatta bir adım öteye gidersem, evrim teorisine artık hakikat gözüyle bakan bilim insanı sayısı böyle bakmayandan kat kat daha fazla (“aslında simülasyonda yaşıyoruz” vs. diyenleri de katıyorum bu ikinci gruba). Batıda üst düzey bilim insanlarıyla hemdem olmamışlar için yazıyorum: Bu insanların çoğu inanılmaz akıllı ve açık görüşlü insanlar – hiçbiri laf olsun diye ‘evrimci’ olmuyor. Yazdıkları makaleleri anlamaya kalksak çoğumuzun ilk paragrafta başı ağrır. Fakat genellersem “Orta Doğulular” (ya da müslümanlar) olarak komplo teorilerini çok seviyoruz ve çok kaliteli insanları dahi karalamayı ve aşağı çekmeyi becerebiliyoruz. İnternette bir sürü komplo teorisi yayan sitelerde görebileceğiniz gibi “aslında Tanrı’nın var olduğunu biliyorlar ama ruhlarını Şeytan’a satmışlar; ondan evrim teorisini insanlara pompalıyorlar” tarzı palavralara inanan çok maalesef.
Bilim insanları ellerindeki bulgulara göre evrim teorisine inanıyorlar ve bu teoriyi bir “bilimsel model” olarak kullanıyorlar. Ayrıca Darwin’in 1859’da ilk defa ortaya attığı ‘Evrim teorisi’ de zamanla tabir-i caizse ‘evrilmiştir’ ve bugüne kadar yapılan genetik, paleontolojik, biyokimyasal çalışmalarla bambaşka bir hal almıştır. Yani ‘Harun Yahya’ ve benzeri sözdebilimci/bilim düşmanı grupların sık yaptıgı gibi “Darwin yerle bir edildi!” deyip bunu “evrim teorisi yerle bir edildi!” anlamına getirenlere kanmayın. İngilizler atalarına büyük saygı gösterirler ve Darwin’in ~150 sene önce söylediği birçok şeyin şimdi yanlış olduğu bilinse de, müthiş bir bilim adamı ve biyolojinin her alanına katkısı çok büyük olduğundan, sonraki bilim insanları saygılarından birçok önemli buluşu hala Darwin’e atfeder. Bu yüzden evrimsel genetik alanındaki gelişmeleri fazla takip edemeyen birisine de evrim teorisi sanki hala Darwin’in söylediği versiyonuyla kalmış gibi görünebilir. Evrim teorisi her zamankinden daha güçlü ve neredeyse yıkılmaz (bilimsel) surlar arkasında. Evrim teorisinin yanlış çıkması bilim tarihinin açık ara farkla en büyük şoku olur – bunun için binlerce makalenin yalan/yanlış cıkması gerekir ki böyle birşey imkansız, çünkü bu araştırmaları yapan sadece bir insan ya da grup degil; onlarca farklı ülkeden, yüzlerce farklı alandan (genetik, paleontoloji, veri bilimi, biyokimya) uzman yayınlıyor bu makaleleri.
Evrimi tam anlamayanların en büyük hatalarından biri de türlerin devamlı daha da kompleksleşmesi ve “mükemmelleşmesi” gerektigidir. Böyle birşey yok. Sadece bir örnek olarak Pandalarla ilgili bu (ingilizce) videoyu izleyin. Sadece Panda bile bizim “mükemmellik” anlayışımızla Allah’ın “mükemmellik” anlayışının çok farklı oldugunu gösteriyor. Panda da farklı bir “sanat” ama düz bir insan olarak baktıgımızda (haşa!) hataları çok: tüm gün bambu yiyor ama doğru düzgün sindiremiyor bile. Bu yüzden tüm gün yemek yemek ve kaka yapmak zorunda. Fazla enerjisi olmadığı için de yemek yemenin dışında günlerini uykuda geçiriyorlar.
Ben de yaklaşık on senedir genetik alanındayım ve genetikle ilgili okuduğum akademik makale/kitap sayısı bini geçmiştir. 18 yaşında, Türk insanının birçoğu gibi, evrime kesinlikle inanmayan birisi olarak çıktığım bu yolda, şimdi otuzuna dayanmış ama evrim teorisinin (çok çok yüksek ihtimalle: %99.999…) doğru olduğuna inanan birisi olarak devam ediyorum. Bunları söylerken de beş vakit namazını kılan ve Allah’ın varlığına tüm kalbiyle inanan birisi olarak söylüyorum. Bu konuda degiştigimi de söylemekten hiç gocunmuyorum. Banal olacak ama insan devamlı öğrenmeli ve inançlarını yeni bilgiler doğrultusunda sorgulamalı. Ama insanların çoğu “benim inançlarım doğru çıkmalı!” gözlügüyle bakıyor olaylara ve yanlış olma ihtimalini dahi düşünmek istemiyor – çünkü “bugüne kadar bildiklerim (büyük ihtimalle) yanlışmış” deme cesareti çok az insanda var. Benim öyle bir derdim yok; olmadı.
Evrim teorisi konusunda neden böyle düşündüğümün sebeplerini de kısaca sayarsam: Birincisi, Allah bizi (bilimle, fosillerle vs.) kandırmaya çalışmaz. Ikincisi, ne Kuran’da ne de hadiste, ilk insanların (Hz. Adem ve Havva’nın) yaratılışıyla ilgili mahiyetini tam olarak bilmediğimiz detaylar bulunsa da, insandan önceki canlılarla ilgili neredeyse hiçbir şey yok. Popülasyon genetiği alanındaki araştırmalara göre (modern) insanlar son 150-200 bin senedir bu dünyadalar. İlk canlıların ~3.5 milyar sene önce ortaya çıktığı göz önünde bulundurulursa, insanların dünyada bulunma süreleri bazı türlere nispeten çok kısadır. Eskiden olup da şimdi aramızda bulunmayan bir sürü canlının fosili bulundu (dinazorlar, trilobitler, Neandertallar gibi) – ve eldeki milyonlarca fosile bakıldığında, en geçmiş zamandan şimdiye doğru bir film şeridi gibi canlıları izleyebilsek, ilk canlıların gittikçe daha türlü hale geldiğini ve çogunun kompleksleştiklerini göreceğiz***. Din konusunda uzman değilim fakat bununla ilgili de hiçbir ayet veya hadise rastlamadım (yani “Allah milyarlarca sene önce tek hücreli canlıları yarattı; sonra şunları; sonra da dinazorları…” gibi. Bilen varsa yazsın lütfen). Bütün bunları ve evrim teorisini destekleyen bulguları**** birleştirince Allah’ın bildiğimiz-bilmediğimiz tüm canlı türlerini evrimi kullanarak yaratmış olduğuna inananlardanım.
Benim bir bilim insanı olarak amacım hakikati araştırmaktır – her insanın da böyle olması lazım ama çoğumuz bir şeye inandık mı hakikate dahi gözümüzü kapatıyoruz. Bilime gözünü kapatan, Allah’ın en önemli eserlerinden biri olan ‘kainat kitabı’na da gözünü kapatmıştır. Bilim insanlarının yaptığı gibi sorgulamadan, araştırmadan, diğer uzmanların sordukları sorular üzerine samimane kafa yormadan “benim dediğim doğru!” diyen her insan tam anlamıyla zırcahildir, kibir abidesidir – ve kibir Allah’ın en sevmediği hasletlerden biridir. Allah (kibirsiz) sorgulayan insanları sever; insan sadece sorgulayarak ‘tahkiki iman’a ulaşır.
Ben öğrendiklerim ışığında artık şu noktadayım: Allah tüm türleri (species) evrimle yaratmışsa da şaşırmam; (çok gizemli bir şekilde) direkt yaratmışsa da. Ama (“eviren”in O olduğunu varsayarsak) birinci senaryonun ikincisine nazaran çok daha güzel; akla ve Sünnetullah’a da daha uygun olduğu kanaatindeyim*****. Çünkü ~14 milyar sene önce kainat yaratılıp, bundan ~10 milyar sene sonra dünyadaki ilk canlıya hayat “üflendikten” ve (DNA, metabolizma, algılama gibi) gerekli biyolojik mekanizmalar verildikten sonra evrimle herşey yine Allah’ın akıl sır erdiremediğimiz yüce planı ve koyduğu kurallar içinde/sebep-sonuç dairesinde işlemeye devam ediyor.
Evrim teorisine inanmıyorsanız alternatif teorinizin ne olduğunu düşünmeniz lazım. Bana göre en fazla iki alternatif teoriniz olabilir: Alternatif teori 1: Tüm türler dünyanın yaşamaya elverişli hale gelmesinden, yani ~3.5 milyar yıldan beri varlar ve aynı kalmışlar. Örneğin şempanzeler, tüm dinazor türleri, insan, tüm bakteri turleri, tüm bitki türleri vs. hep vardı ve aynı kaldılar. Fakat bu ‘teori’yi yapılan araştırmalar ve bulunan fosiller desteklemiyor. Görünen, bugünkü türlerin çoğunun sonradan ortaya çıktığıdır – özellikle de çok hücreli canlıların (bkz: canlı türlerinin ortaya çıkma kronolojisi – aşagıda). Alternatif teori2: Evrim sadece diğer canlı türleri için vardı ve insan çok (çok!) sonradan dünyaya ‘ışınlandı’. Bu ‘teori’nin de sorunu, ana yazımda da belirttiğim gibi, DNAmızın birçok hayvan ve canlıyla çok yüksek benzerlikler göstermesi. Ayrıca modern insana benzer, Neandertaller ve Denisovalılar gibi çok yakın insan türlerinden aldıgımız DNA da cabası – atalarımız Afrika’dan çıktıktan sonra onlarla çiftleşmiş ve bugün Afrikalıların dışında neredeyse her millette %1-2 arası Neandertal ve Denisovalı DNAsı var. İnsan biyolojik, fizyolojik ve genetik olarak diğer canlılardan çok farklı bir yaratık olsaydı, bu tarz çiftleşmeler imkansız olmalıydı – ama değiliz!
Uzadı… Kısaca özetlemek gerekirse söylemek istediğim haddini bilen ve gerçeğin peşinde olan bir insan, bilim insanlarının saf olmadığını, çoğumuzdan daha akıllı olduklarını, (bundan bahsetmek bile utanç verici ama) komplo teoricilerin bize anlattığı gibi “aslında biliyorlar ama Şeytan’a hizmet ediyorlar” gibi bir durumun olmadığını bilmesi gerekir. Bilim modellerle ilerler ve biyoloji alanında şu andaki en iyi ‘bilimsel model’ de evrim teorisidir. Ben dahi evrim teorisini kullanarak ilk defa ya da az görülen mutasyonların proteinler üzerindeki etkilerini tahmin etmeye çalışıyorum ve kullandığım algoritmaların başarı oranı %80’lerin üzerinde.
Umarım kendimi anlatabilmişimdir. Bu konu/hamur daha çok su götürür; bu yüzden burada bırakıyorum. Bu arada insanların evrime inanıp-inanmaması beni çok ilgilendirmiyor – yazıyı entelektüel bir sorumluluk olarak gordügüm için yazdım – fakat evrim teorisi düşmanlıgı insanları bilim insanı düşmanlığına, sonra da tamamen bilim karşıtı olmaya doğru ittiğini gözümle gördüm kaç defa (ben de gençken kısmen bu gruptaydım). Böyle insanlar sonra aşı karşıtı, ve ya homeopati ve ‘düz dünya’ gibi saçmalıkların savunucusu oluyorlar. Bunu engellemek için ben de kendi çapımda bana düşeni yapmak istedim******.
Belki ilginç gelmiştir ama yazımda ateizm’den hiç bahsetmedim. Çünkü evrim teorisiyle ateizm farklı şeyler. Ateizm, tanrının olmadığına dair bir inanış, evrim teorisi ise – yukarıda bahsettiğim gibi “tüm canlıların ilk atası”nın ortaya çıkmasından sonra – şu anda dünyada bulunan milyarlarca türün neden ve nasıl ortaya çıktığını açıklamaya çalışan bilimsel bir teori/model/mekanizmadır. Her evrim teorisine inanan ateist değildir çünkü evrim teorisinin dogru olup-olmamasının Allah’ın varlığıyla bir alakası yoktur – aynı dünyanın küre olup-olmamasının da bir alakası olmaması gibi*******. Ayrıca, ateizm evrim teorisinden önce de vardı. Yarın birgün (sanmıyorum ama) evrim teorisi yanlış çıkarsa – örneğin 3.5 milyar senelik bir hayvan fosili bulunursa – ateizm yine var olacak – çünkü ateistlerin Tanrı’nın varlığına inanmamalarının en önemli sebepleri bilimselden ziyade felsefidir (birkaç örnek: neden bu kadar çok kötülük/hastalık/şiddet var? Tanrı varsa, neden saklanıyor? dinler/dindarlarda bulunan bazı hurafeler; mutlak kadir, ezeli ve ebedi bir Tanrı anlayışını “mantıksız” bulmaları). Evet; bugün ateistlerin çoğu evrim teorisine inanıyor ve bunu inanışlarını desteklemek için kullanıyorlar gibi görünüyor ama hepsi değil. Örneğin Çin’de neredeyse ülkenin tamamı ateist/Budist ama evrim teorisini gerçekten anlayanların sayısı nispeten çok azdır. Ateistlerin bakış açısını çok önemli bir ateistin perspektifinden öğrenmek isterseniz Prof. Richard Dawkins’in ‘God Delusion’ kitabını tavsiye ederim. Müslümanlar olarak bizlerin Allah’ın varlığına dair kullandığı her argümana (kendilerine göre) mantıklı cevapları var ama hepsi tartışmalı tabi.
Son olarak, benim müslüman olarak kalmamın sebebi bilim değil, Efendimiz (Sav)’in hayatı ve Kuran-ı Kerim’dir. Bugünün (her dinden) dindarlarının paçozluk ve cehaletini görünce, Efendimiz’i doğru bir şekilde tanımayan bir insanın ateist veya din düşmanı olmasını da kesinlikle yadırgamıyorum.
Okuduğunuz için teşekkür ederim. Yorumlarınızı bekliyorum…
Dipnotlar
*Şu anda Leicester Üniversitesinde (İngiltere) bir Genetik Epidemiyolog olarak çalışıyorum ve grup olarak insanlarda akciger fonksiyonunu ve kronik obstrüktif akciger hastalığını (KOAH) genetik olarak araştırıyoruz. Elimize yüzbinlerce insanın genetik ve fenotipik (yaş, cinsiyet, sigara içiyor mu?) datası geçiyor ve bu bilgileri “süper bilgisayarlar” aracılığıyla istatistiki modellere tabi tutarak (“fit” ederek) hangi genlerin iyi bir akciğer fonksiyonu veya KOAH için önemli olabileceğini bulmaya çalışıyoruz. Umuyoruz ki yaptığımız buluşlar ileride insanlara faydalı bir ilaçla sonuçlansın. Detaylari bu iki yazimda okuyabilirsiniz: Bir bilim ve genetik reklamı & Searching for “Breathtaking” genes. Literally!
**Allah, (150-200 bin sene önce dünyada yaşayan) Homo sapiens‘lerin (modern insanların) arasından ikisine Hz. Adem ve Havva’nın ruhunu ‘üflemiş’ olabilir. Bu benim için şaşırtıcı olmaz. Çünkü, objektif olarak karşılaştırdığımızda, modern insanları Neandertaller (Homo neanderthalensis) ve Denisovalılar (Denisova hominins) gibi diğer insan türlerinden, ve şempanze gibi genetik olarak yakın hayvanlardan ayıran faktörün genler ve biyolojiden çok aradaki ilim farkı olduğunu görüyoruz. Meleklerin Allah’a “Orada bozgunculuk yapacak ve kan dökecek birisini mi yaratacaksın?” sözü bu şekilde de manidar oluyor – çünkü modern insana (Homo sapiens) benzer yaratıklar da birbirlerinin kanını dökmüşlerdi.
****İngilizce bilenlere Richard Dawkins’in “The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution” kitabını ve yukarıdaki “What is the evidence for evolution?” videosunu tavsiye ederim.
*****Allah bir insanı bile yaratmaya karar verdiğinde o insanı dünyaya ‘ışınlamıyor’. Anne rahminde ~9 ay geçiriyor; sonrasında da belki 20-25 yaşına kadar kendi başına bir ‘birey’ olmuyor o insan. Herşey bir süreç sonucunda yaratılıyor.
******Uydurma bir senaryo çizmek istiyorum: Örneğin, 1920’lerde yaşıyoruz… Bilim fazla ilerlememiş ve büyük bir veba salgını var. Milyonlarca insan ölüyor ve bütün imamlar hutbelerinde: “Bu işlediğiniz günahlardan dolayı Allah’ın bize gönderdiği bir beladır; çekeceksiniz başka çaresi yok!” diyor. Bir bilim insanı da çıkıp “Hayır; benim gözlemlerime göre büyük ihtimal bunun sebebi farelerden bulaşan gözle göremediğimiz birşey. Araştırmam lazım!” dese ve karşılıgında da “Ne demek yani; Allah göndermedi mi bunu? Bu adam Allah’a şirk koşan sapık bir kafirdir!” damgası yese kaçımız – “kafir” damgası yeme ve toplumdan dışlanma pahasına – o bilim insanının tarafında yer alırdık? Evrim’deki gibi ortada herkesin gözle dahi görebildiği birşey var: veba hastalığı. Fakat mekanizma olarak biri “Allah istedi; oldu“, diğeri ise “(Allah istedi/istemiş olabilir – bunu objektif olarak bilemem/kanıtlayamam – fakat) bunun biyolojik sebebi bir bakteridir” diyor.
*******Fakat ‘din anlayışımız’la bir alakası vardır. Eğer din anlayışın “dünya düzdür” diyorsa, tonlarca somut bilimsel delille küre olduğu ıspatlanmış dünyanın küre olup-olmadığını değil, din anlayışını gözden geçirmen/sorgulaman lazım.
Eldeki bulgulara göre, canlı türlerinin ortaya çıkma kronolojisi (Source: bbc.co.uk)
PS: Yıllar önce evrim teorisi ve ateizmle ilgili görüşlerimi 2009’da önce Leicester Üniversitesi öğrencilerinin hazırladığı bir gazetede, sonra da (daha uzun bir şekilde) “God of Science” adlı yazımda paylaşmıştım. O günler ateizm’le ilgili söylediklerimin çoğuna hala katılsam da, evrim teorisi konusunda tamamen değişmişim 🙂 Bunu da gururla söylüyorum. Maalesef sorgulayanların sevilmediği, dogmatik bir milletiz. Hakikatin peşinde koşmanın ve bilimin önemini anlarsak, Allah’ı daha iyi tanıyacağımızı düşünüyorum.
PPS: Yazıyı paylaştığım günün (bugün 12 Şubat’ın) dünyada “Darwin günü” olması da ayrı bir tesadüf/tevafuk.
Ek 1 (18/05/2019): Konuyla ilgili bir Twitter zinciri (thread)
Evrim teorisini anlatma konusunda başarılı bulduğum bir video daha
Kısaca ‘Neden ve nasıl bir müslümanım?’ (ama >%10 da agnostiğim) (Not: önem sırasına göre sıralanmadı)
1- (Tek) Tanrının varlığını (biliyormuş gibi) ‘hissediyor’ olmam
Özellikle baba olduktan sonra bu duygu çok arttı. Oğlumun geçtiği her aşamayı izledim ve bir insanın/canlının nasıl açıklanamaz bir mucize olduğunu gözlerimle gördüm.
(Not: Bu sebep bazen – karşılaştığım olaylar sonrasında az ya da çok – sarsılıyor ama hala önemli bir sebep benim için)
2- İslam dininin özünde çok güzel ve (alternatiflerine göre) özel bir din olması: a) Öncelikle, senin bir yaratıcın var; ona karşı mütevazı ol (Allah’a şirk koşma!) – herşeyi ondan iste (aciz bir mahluk olduğun için de mütevazı ol). b) Kısa ömrünüzde güzel işler yapmaya çalışın; sorumluluk sahibi olun (emri bil maruf, nehyi anil munker); imtihan dünyasındasın: yaptıklarından da yapmadıklarından da sorguya çekileceksin. c) Kesinlikle başkalarının hakkına girme; Allah affedicidir ama her kuluna (fakir-zengin, ünlü-ünsüz farketmiyor) çok değer veriyor – bu yüzden kendi hakkını affetse bile onların hakkını senden alacak. d) Sorgulamaya (tahkiki iman taklidi imandan daha efdal) ve ilim/bilim öğrenmeye (Kıyamet günü, âlimlerin mürekkebi şehitlerin kanından ağır gelir – Hadis) teşvik ediyor. e) Allah’ın “esma-ül hüsnası” (Halim, Rahman, Rahim, Selam gibi) sadece iyilik, sevgi ve affetme temelli değil, (Adil, Kahhar, Kabıd gibi) adalet, zorluk ve ceza temelli isimlerden de oluşuyor. Ayrıca, Batın ve Hakim isimleri de evren ve hayatın – bazı kısımları hoşumuza gitse de gitmese de – neden böyle gizemli, hatta anlaşılmaz ve hakikatinin araştırmaya değer olduğunun bir emaresi…
3- Kuran’daki bazı – bana göre direkt ilahi olduğu belli olan – ayetler: Peygamberi eleştiren/ikaz eden ayetler; “Kulları içinde ancak âlimler, Allah’ı gerektiği tarzda tazim ederler” (Fatir, 28); “İnsan, emek ve gayretinin neticesinden başka şey elde edemez” (Necm, 39); “O, insanı bir damladan yarattı. Fakat bir de bakarsın ki Rabbine apaçık bir hasım oluvermiş!” (Nahl, 4); “Allah size, emanetleri/işi ehline vermenizi ve insanlar arasında hükmettiğinizde adaletle hüküm vermenizi emreder” (Nisa, 58); “O insana kalemle yazmayı öğretendir” (Alak, 4) gibi ayetler…
Direkt ilahi olduğunu düşündüğüm bir ayet daha: Bakara 260. Hz. Ibrahim gibi ‘ulu’l azm’ bir peygamberin bile Allah’tan kalbini mütmain etmesini istemesi ve bu olayın Kuran’da yer alması çok gizemli ve derin bir ayet.
4- Birçok duygusal ya da mantıksal sebep: örneğin, a) İslam’ın yok olmamış ya da Afrika’da birkaç kabilenin inandığı bir din olmaması önemli; b) önceki büyük dinleri ve peygamberleri tasdikliyor (ya da tamamen yalanlamıyor) olması – onların da “ileride gelecek bir peygambere” işaret etmesi (örnek); c) İslamı, Hz. Muhammed gibi doğruluğu (örneğin – Duha suresinde de bahsedildiği üzere – bir süre vahiylerin kesilmesini hiçbir menfi sebeple açıklayamam) ve adaletiyle bilinenve davasına tüm kalbiyle inanmış bir peygamberin (örneğin, günde en az 5 vakit namaz ve her yıl en az bir ay oruç tutmayı hiçbir menfi sebeple açıklayamam), Hz. Ali, Hz. Ömer, Hz. Hamza, Hz. Halid bin Velid gibi ‘kimseye eyvallahı olmayan’, zamanının çok önünde ve (kendi alanlarında) başarılı figürlerin temsil etmesi de inancımın güçlenmesine katkıda bulunuyor. d) Ayrıca, Hz. Muhammed’in ‘veda hutbesi’ni verdikten ve Kuran tamamlandıktan kısa bir süre sonra vefat etmesi de önemli bir delil benim için.
5- Ateizm’in temeli olan Materyalizm’in – bana göre – bazı olguları hiçbir zaman açıklayamayacak olması: Örneğin felsefede ‘Emergent properties’ (ortaya çıkan yeni özellikler) diye bilinen olgu – mesela Hamlet, Savaş ve Barış, Karamazov Kardeşler gibi şaheserlerin yazılmasını hangi fizik kuralı ile açıklayabilirsiniz? Futbolun kuralları nereden geldi? Ortada ‘kreatif’ (ve bana göre Doğa bilimleriyle hiçbir zaman anlayamayacağımız) birşey var. İnsan şuurunun – her ne kadar fiziki alemle (beyin aracılığıyla) bağlantısı olsa da – hiçbir zaman nöroloji, kimya, algoritmalarla vs. tamamen açıklanamayacağına (ve kontrol edilemeyeceğine) inanıyorum. Yani Determinizm’e inanmıyorum; bir yöne meyilli olsak da özgür bir irademizin olduğuna inanıyorum. Ayrıca, şuurun – mahiyetini anlamadığım bir şekilde – ‘tanrısal/metafiziksel’ bir olgu olduğuna inanıyorum.
6- Herkes söylediği için artık banal oldu fakat (bizim ilmimize kıyasen, fizik, matematik, biyoloji, kimya bilgisi) sonsuz bir ilim sahibi bir zaatın anca bu kainatı yaratabileceğine inanıyorum. Bu da Islam’daki (herşeyi bilen, herşeye kadir) ‘Allah’ (‘The God’) tanımına uyuyor.
Fakat gördüğünüz gibi yukarıda saydığım nedenlerin bazıları duygusal, bazıları da mantıksal – ama hiçbiri bilimsel değil! Bunu da kabul ediyorum; agnostik kısmım da buradan geliyor. Kafamdaki birçok sorunun** cevabını bilmiyorum; çok araştırdım; sordum; bildiğini iddia edenlerin de bilmediğini üzülerek gördüm. Şunu da belirtmem lazım: insan hayatın gizemleri karşısında bazen sadece ‘bakakalıyor’. Her zaman yeni şeyler öğreniyor, gözlemliyor ve hayretler içerisinde kalıyorum. Aklımın almadığı konularda haddimi bilip, susuyorum – asla kesin konuşmamaya dikkat ediyorum ama sorgulamaya ve araştırmaya devam ediyorum.
Ayrıca – yazının başında da belirttiğim gibi – eskiden kalma İslam anlayışının da yeni bilgiler karşısında yetersiz kaldığını görüyorum*. ‘Yeni’ fikirlere ve – daha da önemlisi – cesur ilim/bilim insanlarına ihtiyaç olduğunu düşünüyorum.
Varoluşsal sancılar çekiyorum bazı geceleri – özellikle ölüm ve sonrası kafamı çok kurcalıyor. Vefat edenlerden hiçbir bilgi/geri dönüş al(a)mamamız da canımı çok sıkıyor. Orneğin, rahmetli veya başka sevdiklerimiz/saydıklarımız ne yapıyor acaba? Hiç ‘somut’ (?!) bilgisi olan var mı? Son birkaç haftada rahmetli dedemi, Isaac Newton, Cem Karaca, Barış Manço, Sokrat, Muhammad Ali, Robin Williams, Steve Irwin (liste uzun…) gibi farklı insanları da düşündüm – belki saatlerce… Görüşmelerim ve kişisel araştırmalarım sonuçsuz kaldı – tatmin edici birşey çıkmadı. Ondan bir de buradan yazmak istedim – ulaşanlara şimdiden teşekkürler
Dipnot (Kısacaneden müslümanım?)
*İslam, bugünkü (ve belki de son 600-700 yıldır) yaşandığı haliyle (kadınlara, gayrimüslimlere, azınlıklara, bilim ve felsefeye bakışıyla) evrensel bir din değil. Fakat bazı ayetlerin bile sonradan neshedildiğini göz önünde bulundurursak, fanatikler/bağnazlar tarafından sık kullanılan birçok (sahih) hadisin de sonraki hadis/sünnetlerle neshedildiğine inanıyorum. Bu yüzden bir hadis ya da ayeti kullanıp, evrensel değerlere ya da bugünkü bilime ters argümanlar üretenlere:
1- “Bu ayetin sebeb-i nüzulü neydi?” ya da “bu hadis söylendiği dönemdeki/esnadaki şartlar/kontekst neydi?”, ve
2- “O ayet/hadisten sonra bu ayet/hadisle çelişen başka bir ayet/hadis indi mi?”
diye soruyorum. Cevap veremeyenleri de kâle almıyorum…
Özellikle veda hutbesi benim için birçok konuda mihenk taşıdır, çünkü, Efendimizin (sav) en son sözlerindendir ve bugün için bile (cinsiyet ve ırk eşitliği, sosyal ve hukuki adalet, barış içinde yaşama gibi konularda) evrensel mesajlarla doludur.
Fakat şunu da unutmamak lazım: Peygamber dahi ‘zamanının çocuğuydu‘; bu yüzden insanlığın ondan alacağı çok önemli ahlaki, sosyal ve siyasi ders ve ilhamlar olsa da genetik/moleküler biyoloji, paleontoloji, kuantum fizik, kimya, astronomi, elektronik, programlama gibi alanlardaki bilimsel ve teknolojik gelişmelere “Kur’an ve Peygamber bu konularda fazla birşey söylemedi” diye göz kapamak veya önemsememek büyük bir cehalet ve insana verilen potansiyele ihanettir.
**Bazı örnekler: ‘Kader’ nedir? ‘Özgür’ irademiz var mı? Cevap ‘hayır’sa, imtihanın mantığı nedir? Cevap evetse, psikolojik sorunları olan veya (demanslı insanlar gibi) beyninde hasar oluşan insanları nasıl açıklarız? Çocuk ölümleri? Elektrik, insulin, internet, evrim teorisi (ve fosiller), quantum fiziği, aşılar (liste uzun…) gibi çok büyük buluşları peygamberlerin yapmaması ya da tartışmamasındaki hikmet nedir?
An example output from AutoZplotter using whole-exome sequencing data – used to identify the Primary ciliary dyskinesia causal gene, CCDC151, in Alsaadi and Erzurumluoglu et al, 2014 (read this paper’s story here). The green and red dots correspond to heterozygous and homozygous calls (for the alternative allele), respectively. The continuous blue lines correspond to the probability that the observed sequence of genotypes is not autozygous (e.g. close to zero means likely to be an autozygous region). LRoH: Long runs of homozygosity. NB: This image has been edited to ensure confidentiality/anonymity of the participant. Some LRoHs have been shortened or extended for this reason. If you’re thinking of using an AutoZplotter image in a paper, do not share genome-wide figures but maybe consider using chromosome-wide ones
When analysing whole-exome or whole-genome sequencing (or dense SNP chip) data obtained from consanguineous individuals with a rare Mendelian disease, the disease causal mutation usually lies within an autozygous region (characterised by long runs of homozygosity, LRoH, which are generally >5Mb). Thus checking whether any candidate genes overlap with an LRoH can substantially narrow region(s) of interest. There are several tools which can identify LRoHs such as Plink, AutoSNPa and AgilentVariantMapper. However, they all require their own formats and considerable computational knowledge; and also struggle to identify regions that are shorter than 5Mb. Thus, we wrote AutoZplotter, a user-friendly python script which plots the heterozygosity/homozygosity status of variants in a VCF file to allow for quick visualisation and manual identification of regions that have longer stretches of homozygosity than would be expected by chance.
AutoZplotter accepts the VCF format – which is the standard format for storing genetic variation data from NGS platforms. Image Source URL: bioinf.comav.upv.es
The input format of AutoZplotter is VCF, thus it will be suitable for any type of genetic data (e.g. SNP array, WES, WGS) and from any species.
To download latest version of AutoZplotter, click here (directs to ResearchGate). If you found AutoZplotter helpful in anyway, please cite Erzurumluoglu AM et al, 2015.
References:
Erzurumluoglu AM et al, 2015. Identifying Highly Penetrant Disease Causal Mutations Using Next Generation Sequencing: Guide to Whole Process. BioMed Research International. Volume 2015 (2015), Article ID 923491
Alsaadi MM and Erzurumluoglu AM et al, 2014. Nonsense Mutation in Coiled-Coil Domain Containing 151 Gene (CCDC151) Causes Primary Ciliary Dyskinesia. Human Mutation. Volume 35, Issue 12. Pages 1446–1448
Erzurumluoglu AM et al, 2016. Importance of Genetic Studies in Consanguineous Populations for the Characterization of Novel Human Gene Functions. Volume 80, Issue 3. Pages 187–196
Erzurumluoglu AM, 2015. Population and family based studies of Consanguinity: Genetic and Computational approaches. PhD Thesis. University of Bristol
Breathtaking genes: A ‘Circos’ plot depicting how chronic obstructive pulmonary disease (COPD) has become a global concern – the 3rd biggest killer, defined by poor lung function. Our work shows that many parts of our DNA play a role in our lung health. Peaks in red are newly discovered regions, and the blue ones were previously identified by other groups. Millions of genetic variants from tens of thousands of individuals were analysed in this study. The identified genes will help us understand why some of us have better lung function, and lead to the identification of drug targets of potential relevance to COPD.
A press release was issued by the University of Leicester Press Office on 6 February 2017 about a study that I was also heavily involved in (please click on links below for details):
The study has received a lot of attention from the media, with articles appearing in large media outlets such as BBC News, The Independent and MSN News. If you’re interested in the details, please read the paper published in Nature Genetics.
If interested in reading about the area of Genetic Epidemiology itself, please have a look at my (previously published) blog post about the matter: Searching for “Breath taking” genes. Literally!
Details on Circos plot* (above): FEV1: Forced expiratory lung volume in 1 second; FVC: Forced lung volume capacity; FEV1/FVC: the ratio of the two measurements. Labels in the outer circle show the name of the nearest gene to the newly identified (red) variants. X-axis: Genomic position of variant in genome (chromosome number in the outer circle), Y-axis: Statistical significance of variant in this study (higher the peak the greater the significance).
*The figure is a more artistic version of Figure 1 (Manhattan plot) in the above mentioned academic paper. It did not make it into the final manuscript published in Nature Genetics (6th Feb 2017) as it was found to be “confusing” by one of the reviewers – and the editor agreed. 😦 However, the plot was shortlisted (title: Breathtaking genes) and displayed in the Images of Research exhibition (9th Feb 2017) organised by the University of Leicester. 😉
My role in the Wain et al paper mentioned above: I led the ‘functional follow-up’ of the identified associated variants (e.g. mining eQTL datasets, biological pathway analyses, identify druggable genes, pleiotropy, protein-protein interactions) and appropriately visualise the GWAS results (various Manhattan and Circos plots). I was part of the core bioinformatics team of three in Leicester – alongside Dr. Nick Shrine and Dr. Maria Soler-Artigas.
References:
Wain LV et al., Published online 6th Feb 2017. Genome-wide association analyses for lung function and chronic obstructive pulmonary disease identify new loci and potential druggable targets. Nature Genetics. URL: https://www.nature.com/articles/ng.3787
Obesity is a ‘big fat’ problem World-wide (Image from Wikipedia)
Obesity increases the risk of a variety of disorders such as coronary heart disease (UK’s biggest killer!) and cancer (e.g. colon, breast) and influences other health related traits such as increasing blood pressure and blood fats. Therefore it is always important to know what your normal range for body mass index (BMI) is. Keeping within this range is bound to decrease your risk for obesity related disorders – although should not be solely relied on. Intake of right amount of minerals and vitamins is also crucial.
The NHS have created an online BMI calculator which I found very useful:
PS: Please also check the BMI of your loved ones (especially elder members) as most people usually ignore the early signs and become obese… Warn them if they’re overweight so that it is easier to lose weight compared to when they’re already obese!
PPS: There is also some useful and succinct info on this website
Schematic of the PCR (Polymerase Chain Reaction) process – a technique used to amplify a specific region of DNA. Source URL: http://www.neb.com
This is a very quick guide to designing a primer for PCR (Polymerase Chain Reaction) which will be used to amplify a region of interest. The produced amplicons can then be sent to companies such as GATC-Biotech (located in Germany) to be sequenced. I have seen many blogs with this title but none of them guide you in the way you would expect them to. So I decided to write my own to hopefully make things easier for you:
(i) To design a primer, first click on the link below:
(ii) On the Primer Blast page, you will come across the ‘PCR Template’ box at the top. Enter the ‘Accession ID’ of your transcript of interest from RefSeq if you’re working with mRNA.
If you’re interested in amplifying a genomic region then use Ensembl by (i) searching for your gene of interest on the Ensembl homepage; (ii) then clicking on your gene of interest in the results; (iii) then in the ‘Gene’ view, clicking on the ‘Sequence’ in the ‘Gene-based display’ on the left; and (iv) then by copying the ‘Marked-up sequence’ in FASTA format and pasting it into the ‘PCR Template’ box.
Calculate where your variant of interest is located in the FASTA sequence (Ensembl) or in the transcript (RefSeq mRNA) you pasted and fill in ‘Forward Primer’ and ‘Reverse Primer’ accordingly. I’d advise having a flanking region of ~150bp on both sides of your variant (e.g. if your variant is located at position 500 in your FASTA sequence, then type 350 into ‘From’ in ‘Forward Primer’ and 650 into ‘To’ in ‘Reverse Primer’, leave the other two empty).
(iii) In Primer Parameters:
To get the amplicon sent and sequenced at a company, keep the PCR product size manageable (e.g. 150bp to 300bp).
(iv) If working with human genomic data, change ‘Database’ to ‘Genome (reference assembly from selected organisms)’ and select ‘Homo sapiens’ as ‘Organism’ in ‘Primer Pair Specificity Checking Parameters’.
Click ‘Advanced parameters’.
(v) Change ‘Primer Size’ in ‘Primer Parameters’ to 18 (min), 22 and 25 (max) respectively.
Change ‘Primer GC Content (%)’ to 40.0 and 60.0 respectively.
Change ‘GC Clamp’ to 1.
Change ‘Max Poly-X’ to 3.
Tick the ‘SNP handling’ box (important!).
(vi) Scroll to bottom and click ‘Show results in a new window’ before clicking ‘Get Primers’.
(vii) Wait for results and select a couple* of primer pairs and test them in an in-silico PCR software (e.g. UCSC In-Silico PCR) – designing at least two primer pairs is important; in case one fails, the other one usually works.
(*check that the GC content of the forward and reverse primers are similar to each other for each primer pair.)
Once you’re happy with the amplicons produced in the in-silico PCR program (e.g. your variant** of interest is located towards the centre of the amplicon as desired) then check for hairpin formation (both for forward and reverse primer, separately) using a software such as OligoCalc.
(**if your gene of interest is on the reverse strand, then you would have to use software such as Reverse Complement to change the sequence of your amplicon to its complement so that it matches the Ensembl gene sequence that you’re comparing it against – where you obtained the sequence in FASTA format in step ii).
Once your primer pairs pass all these tests, order them from a company such as Eurofins.
When performing PCR, choosing the annealing temperature may not be straightforward. Although there is a formula for calculating optimum annealing temperature (Ta; see link), (for primers with no unintended targets***) I usually set it 6-7 Celsius below the melting temperature (Tm; you should have received this info from the company that you ordered the primer from) of the primer with lowest Tm. However Ta and MgCl2 gradients/titration may be needed sometimes if PCR doesn’t seem to work for both of the primers you designed earlier.
Sometimes the polymerase used may also need to be changed. So if conventional Taq polymerase doesn’t seem to work (or produces too many unwanted targets), trying a Hot Start activated polymerase (which is way more expensive) could be the answer.
(***if there are other unwanted bands in the gel, try increasing Tm as this will allow the primer to hybridize to the perfectly matching DNA sequence and not to the other unintended regions (which will hopefully be the region you wanted, if you designed the primer well)…
Hope it helps. I’m happy to answer any questions you may have. PCR is a dark art and anything can go wrong! Just need to keep trying 😉
10 Tips for successful PCR primer designing (by Life Technologies)
PS: I have no conflicts of interest and have no connections to either Eurofins or GATC-Biotech
An ordinary blog by an ordinary bloke 